利用Image J计算荧光Ratio并加伪彩

在丁香园看到一个比较老的帖子:

然后有人不知道怎么做这样的图:

这个问题其实蛮简单的,正好顺手撸一篇教程。
1、打开一张荧光图片,并拆分成三个通道图,具体见《利用Image J拆分和Merge荧光图片》。
对于位图应该有这样的认识:每一个8 Bit的通道图的像素其实都是由0~255的数值组成的一个矩阵,就像下图小红色方块里面的像素灰阶值矩阵;既然整个图片都是一个像素的灰阶值矩阵,那么矩阵和矩阵之间可以分别进行加减乘除等运算,其中的除法就可以用来计算荧光Ratio
2、选择Process-Image Calculator。此外还有一个Calculator Plus,相当于Image Calculator的加强版,有兴趣的可以看看。

Image Calculator很简单,一看就会,找准自己需要计算的图片和方法(Divide),然后勾选下面两个选项就行;

3、结果会新生成一张计算之后的图片,该图片的伪彩默认是Image 1的颜色,可以使用LUT更换伪彩;
4、下面就是添加表示计算结果的热度条,很多人可能是被难在这一步了。选择Analyze-Tools-Calibration Bar,则会在图片上显示该热度条,进行一些简单设置包括位置、填色、标签字体颜色/大小/缩放之类的,即可获得最后的图片。
鉴于有些同学说Fiji很难下载,下面我把Fijiwin64版和mac版放在了网盘里面,有需要的请自行下载。

下载地址

百度网盘:链接:https://pan.baidu.com/s/123iJBm5JRUbJ8hJ8wPuGtA 提取码:s950

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