Cytoscape插件DyNetViewer构建分析动态的网络图

在很多研究领域,时间和药物剂量是非常重要的参数,而我们通常构建的调控网络图是静态的,无法准确反映出基因调控网络随着时间或剂量而产生的变化,而能将上述变化阐述清楚的往往也是很牛的研究。

 

那有没有萌新就能上手的分析工具呢?答案是有!今天给大家介绍一个Cytoscape的插件DyNetViewer

 

这个插件可以用于构建分析动态的网络图,这对于涉及剂量大小、时间变化的实验数据的可视化分析是顶好的。
(没有进一步美化,多多包涵啦!)

 

插件下载就不多说了,还是Apps里直接下载就可以了(网速不给力的童鞋可以尝试Cytoscape的官网里的app下载)

 

具体如何操作呢?
我这里以一个远古素材为例子,用的数据集是GSE30691,文章研究的是不同神经性疼痛的模型中基因的表达变化情况。
不同手术组不同时间点基因表达的变化情况

 

首先我们利用某一组具有显著差异的基因构建PPI网络(STRING数据库)
(该表内数据源于文章的supplymentary)

 

然后导入这一静态的PPI网络(从STRING数据库中导出txt文件)

 

打开DyNetViewer插件

 

上传基因表达量的数据(txt文件名里不要用中文)

 

接下来选择构建动态网络的算法,这4种算法的区别在插件作者的文章中有讲解,这里我们用文章中举例时使用的算法和阈值。

 

导出的动态网络图在一开始就给大家展示过了。

 

最后,我们可以导出这一动态网络,便于以后使用(顶部就是导入动态网络)

 

DyNetViewer也可以做网络中心性的分析,类似于MCODE插件,但毕竟是一个动态网络图的插件嘛,所以分析结果肯定也是一个动态结果,这里我们就不作详细的演示了
(原文中的分析案例)
我试了下,Sci-hub上似乎没有这篇文章,这里把文章和Supplymentary的网盘链接给大家。

下载地址

百度网盘:链接:https://pan.baidu.com/s/11NnnzyTKGgbXmF7ZHfi1MQ 提取码:9nb0

蓝奏云:https://www.lanzous.com/b00z9bned 密码:dg2q

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