mirDIP 4.1:寻找miRNA靶基因的神器

近年来科研热点不断涌现,包括转录组、lncRNA、m6A、单细胞测序等等,真让人应接不暇,但有一个研究方向一直以来都未曾真正的失宠,那就是miRNA。根据pubmed统计,2018年共发表miRNA相关论文12761篇,预计2019年也会有12000篇左右。

这么大的一分蛋糕,如何从中分到一块呢?今天给大家介绍一款神器工具——mirDIP 4.1,网站是
http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index_confirm.jsp

这个工具的最厉害之处,就是它整合了很多miRNA靶基因预测工具,可以提高预测结果的可靠性。这个工具也发表在了国际著名期刊《Nucleic Acids Research》上。

下面我给大家介绍下如何使用这个小能手工具。

进入网站后会看到下面的界面,这其中主要关注Unidirectional search”、“Bidirectional search”、“miRNA-gene matrix”。先和大家解释下这3个选项的功能,“Unidirectional search”每次单向地搜索miRNA的靶基因或者靶向该基因的miRNA;“Bidirectional search”则是在输入的miRNA和基因里搜索、匹配;“miRNA-gene matrix”;“miRNA-gene matrix”部分则是对“Unidirectional search”结果的总结,它可以将搜索到的结果中所有miRNA-gene interaction进行总结。

Unidirectional search”的使用方法是在“Gene Symbol”框或者“Micro RNA”框输入你想搜索的东西。需要注意的是它们对输入的名称格式都有要求,基因必须是HUGO Gene SymbolsmiRNAhsa-miR-xxx的格式。下面部分还可以设置过滤等级,Minimum Score设置得越高,则过滤标准越严格,得到的结果越少,当然也就越准确啦!另外,搜索的结果可以展示,也可下载不同的格式,取决于你选择“Display”还是“CSV”(逗号分隔符文件)还是“TAB”(制表符分隔文件)。

我们“Unidirectional search”的example中搜索基因为例,并选择“Display”。可以看到如下两部分:

第一部分,是对基因名的校正。提示用户哪些基因名不存在,哪些基因名更新了,哪些基因名没有变,一目了然。

第二部分,则是展示搜索的结果了。Links栏,存放了不同数据库中对该基因的注释信息。Integrated score表示综合多种软件预测结果的情况下,基因与miRNA之间存在interaction的可能性。Number of source则表示支持该interaction的软件数目。Score class表示Integrated score的等级啦。

Bidirectional search”部分的使用则多了一点点内容。首先在输入的内容上就有所表现,毕竟是双向搜索,需要输入基因and miRNA。格式要求也和上面的一样。

搜索的选项上,除了有上面同样有的confidence class等级和“Display”、“CSV”、“TAB”,source filter则展示了该工具包含的所有预测软件,用户通过点击选择。Number of Sources则表示搜索的结果里至少要有多少个source支持该interaction

Bidirectional search”这部分搜索的结果展示方式和解读和上面“Unidirectional search”的基本一样,只多了个“MicroRNAs input verification”对miRNA的名字进行校正和确认。

 miRNA-gene matrix部分的搜索方法和上面的一致。在结果展示和解读则不同,以网页的example为例进行搜索,可以看到所有的基因和miRNA都会展示在一个table里,方便用户知道哪条miRNA靶向了多个基因,哪个基因又被哪些miRNA靶向,方便做研究的清楚miRNA与基因间的调控网络关系。

最后附上一张该网页工具包含的所有source的数据量,方便大家选择,也顺便感受一下数据量是真的大大大。

关于这个神器数据库的介绍就到这里了,相信大家也会觉得这个数据库真是强大又好用,祝各位科研汪都能挖到好东西,发表好文章!

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