单细胞测序数据库介绍(SCPortalen、scRNASeqDB)

今天我们继续来介绍单细胞测序,帮大家解决一个问题:单细胞测序的单价比较高,老板只给3万块钱经费,自己又对这个技术感兴趣,有没有什么办法?

下面我们就来介绍几个收录了单细胞测序结果的专业数据库,两个数据库的主要用法是告诉大家有哪些单细胞测序的结果已经完成了,我们可以下载后自己分析。

1. SCPortalen: human and mouse single-cell centric database.

 

网址:http://single-cell.clst.riken.jp

SCPortalen收录的信息包括了单细胞的图片、数据和序列,可以按照细胞和数据集(dataset)进行搜索:

我们以dataset为例说明,选择上图中的Transcriptomics dataset选项,这是打开的界面:

我们以第一个数据集为例看一下有哪些信息:

首先我们可以通过dataset title和article abstract了解这个数据集的基本信息:

Data repository是这个数据的保存地址:

还可以下载PCA,t-SNE图和结果:

以及搜索某个基因表达的FPKM值:

 

参考文献:SCPortalen: human and mouse single-cell centric database.Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D781-D787.

 

2.scRNASeqDB: A Database for RNA-Seq Based Gene Expression Profiles in Human Single Cells.


网址:https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/

这个数据库收录了38个单细胞转录组的数据集和13440个样本的信息,其中GEO数据库中的数据集有36个,我们可以根据基因或者细胞进行搜索:

下面我们先根据基因名字进行搜索,就以数据库给出的TBK1这个基因为例:

首先给出的是TBK1基因在不同数据集中的表达(Gene Rank View),我们换成Gene List View:

这样我们就可以看到每个TBK1在不同数据集中的情况了,我们可以看到一个胶质瘤的数据:

数据集是GSE57872:

这是2014年发表在Science杂志上的文章的原始数据:

单击TBK1下面的Gene View打开界面:

下面还有与TBK1表达最相关的100个基因的功能注释:

如果用细胞进行搜索也是可以的,比如以liver为关键词:

展示的是2016年一篇研究肝癌的文章数据:

参考文献:scRNASeqDB: A Database for RNA-Seq Based Gene Expression Profiles in Human Single Cells.Genes (Basel). 2017 Dec 5;8(12). pii: E368.

工具介绍

UbiBrowser:预测和分析底物与E3之间的作用关系工具

2019-12-13 18:15:44

工具介绍

中药研究常用的数据库和网站:TCMGeneDIT、BATMAN-TCM、TCMID

2019-12-14 23:39:02

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