GeneCards:人类基因信息收录最全面、最权威的数据库

一个神奇的基因网站GeneCards,如果你要深入了解某个基因,那么它应该是首选。
Genecards是人类基因的综合数据库,综合了NCBI、 UCSC、 ENsembl、uniprot等125个网络来源的基因组,转录组,蛋白质组学的数据库,提供了基因组,蛋白组,转录,遗传和功能上所有已知和预测的人类基因。
总而言之,它可以帮你在做实验之前,先对你感兴趣的基因有一个深入全面的了解。

网站:https://www.genecards.org/

由以色列威兹曼研究院和美国 Lifemap 生物科技有限公司联合开发的综合性数据库。它始建于 1997 年,至今已有二十多年的历史。

想找基因与疾病的关系,或者想看基因的相关通路,这个数据库可以!

进入页面后,我们可以在网页右上角的“keywords”搜索栏里,搜索你感兴趣的基因,如下图所示。搜索基因常用的是

①关键词 
②基因 
③别名 

④识别符选项

           
接下来我们就可以在搜索栏中搜索疾病。

这里以“stat3”为例进行展示。GeneCards会检索出一系列有关的基因,我们点击第一个栏目进去。

如上图所示,它包含的信息非常多,挑几个来说~

基因别名(Aliases)

Stat3基因的别名,它叫“Signal Transducer And Activator Of Transcription 3”,同时它又叫“Acute-Phase Response Factor”、“APRF”等等。

疾病(Disorders)

这部分展示的是基因STAT3与哪些疾病相关,如图所示,我们可以点击圈出的箭头部分展开看到所有的79种疾病。

蛋白(protein)

关于stat3蛋白的信息,包括:分子量、序列、结构、翻译后修饰(比如泛素化位点)。

药物(Drugs)

这部分信息包括影响到Stat3的药物或者化合物,角色、作用机制、临床试验信息,比如对Cryptotanshinone的作用机理介绍是:STAT3/AChE inhibitor, STAT3 inhibitor. Also displays multiple other activities。这部分信息可以帮助我们研究分子机制的时候选择激活剂、抑制剂等。

定位(localization)

这是stat3的细胞定位,分子的细胞定位对于研究分子发挥功能的方式很重要,在介绍lncRNA研究时,提到要对lncRNA研究完成的“八部天龙”中其中一部就是细胞定位。上图中,绿色越深,表示定位越多,我们可以看到stat3在胞浆、胞核、胞膜中都有,需要注意的是没有提分别是在何种背景下的定位。

物种同源性(Orthologs)

stat3在不同物种中的同源性从高到底排序。

通路与作用(pathway)

下图是stat3所参与的信号通路,还有各种网站的有关stat3的信号通路图。

这个数据库的内容太多了,这里介绍的仅仅是 GeneCards 的凤毛麟角!自己去网站实践一下啊,说不定一个idea就出现了!
工具介绍

MSDD:miRNA SNP与疾病相关的数据库

2019-12-20 18:25:12

工具介绍

XTalkDB:识别信号通路之间关系的数据库

2019-12-21 13:22:54

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