生信文献解读:利用WGCNA发文章

生信文献速递|WGCNA发文so easy

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文章全篇应用生物信息分析,发表文章在 Bioscience Reports杂志上,不过看起来文章实在有些匆促,不小心发现自己连自己的单位都写错了 Lanzphou University???,最近生信人的小编说: 灌水也需认真啊  。

摘要

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这种文献看起来很快,关键词 GEO数据集WGCNA分析然后功能富集分析Hub gene一套操作下来说自己找到了重要的基因,然后后面不用看,就讨论基因的重要性,实在不行就验证一下。

看图说话

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样本聚类热图展示

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模块性状相关性热图展示

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Hub gene生存分析

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简单验证

TCGA数据库验证表达,再加一个ROC曲线,CCLE数据库分析基因表达。

题外话

全文就到此结束了,思路非常简单;笔者想说的是,不要觉得这些分析结果看起来很简单,我说起来也很简单;其实要完成整篇文章的数据分析,图表准备,论文撰写,投稿等过程其实非常繁琐、复杂;需要耗费作者很多心血,在这样的过程中作者会得到一个完整的训练,从这一点上来讲,我尊重每一份努力和付出

做这样的工作,其实我们都是被拘去做的;我只是希望,如果可能的话,我们尽可能的学习、思考、进步;不顾一切的灌水我不能赞同。

附上文献链接:Co-expression of key gene modules and pathways of human breast cancer cell lines(https://doi.org/10.1042/BSR20181925)

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