文献解读:mRNA-miRNA-lncRNA网络在胰腺癌中的作用

摘要

近年来,越来越多的证据揭示了mRNAmiRNAlncRNA网络在多种人类肿瘤中的作用。然而,与胰腺癌预后相关的系统的mRNA-miRNA-lncRNA网络仍然缺乏。

研究结果

 

图1

图1:胰腺癌中显著差异表达基因(DEG)的鉴定。

(A)显示从GSE16515确定的DEGS的火山图。

(B)显示从GSE15471中识别出的DEGS的火山图。X轴代表对数变换后的P值,Y轴代表胰腺癌组织与正常组织间基因表达的平均差异。注:这两个火山图显示了所有的deg;黑点代表胰腺癌样本和正常样本之间没有差异表达的基因,绿点和红点分别代表胰腺癌样本中下调和上调的基因。|log2FC|>1和adj。以P值<0.05为临界值。

(C)GSE16515和GSE15471数据集的上调DEGS的交集。

(D)GSE16515和GSE15471数据集下调的DEG的交集。将相交的DEGS定义为显著DEGS。

图2

图2:重要DEG的GO功能注释。

(A)明显上调的十大富集生物过程(BP)。

(B)显著上调的十大富集分子功能(MF)。

(C)显著上调的十大富集细胞成分(CC)。

(D)下调显著DEGS的十大富集生物过程(BP)。

(E)显著下调的十大富集分子功能(MF)。

(F)下调的显著DEGS的十大富集细胞成分(CC)。

图3

图3:显著DEGS的KEGG途径富集分析。

(A)明显上调的前10条富集KEGG通路。

(B)下调的显著DEGS的前十大富集KEGG通路。

图4

图4:在蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中确定的前30个中枢基因。

(A)显著上调的DEGS的PPI网络。

(B)显著上调DEGS的前30个中枢基因。

(C)显著下调的部门的PPI网络。

(D)显著下调的DEGS的30个HUB基因。

 

图5

图5:筛选胰腺癌的关键基因。

(A)分别使用GEPIA和Kaplan Meier-Plot数据库,通过结合表达和预后分析,在显著上调的DEGS的前10个HUB基因中鉴定关键基因。

(B)分别使用GEPIA和Kaplan Meier-Plot数据库,结合表达和预后分析,在显著下调的DEGS的前10个HUB基因中鉴定关键基因。

(C)MMP9在胰腺癌中的表达及预后价值。

(D)CXCL8在胰腺癌中的表达及预后价值。

(E)ACTB在胰腺癌中的表达及预后价值。

(F)ITGB1在胰腺癌中的表达及预后价值。

(G)STAT1在胰腺癌中的表达及预后价值。

(H)TOP2A在胰腺癌中的表达及预后价值。

(I)CDK1在胰腺癌中的表达及预后价值。

(J)GNMT在胰腺癌中的表达及预后价值。

(K)ABAT在胰腺癌中的表达及预后价值。

图6

图6:使用Cytoscape软件构建miRNA-基因网络。

图7

图7:miRNAs在胰腺癌中的预后价值。

(A)HAS-miR-132在胰腺癌中的预后价值。

(B)HAS-miR-133a在胰腺癌中的预后价值。

(C)HAS-miR-29b在胰腺癌中的预后价值。

(D)HAS-miR-491在胰腺癌中的预后价值。

(E)HAS-miR-192在胰腺癌中的预后价值。

(F)HAS-miR-29c在胰腺癌中的预后价值。

(G)HAS-miR-9在胰腺癌中的预后价值。

(H)HAS-miR-140在胰腺癌中的预后价值。

结论

综上所述,我们建立了一个新颖的mRNA-miRNA-lncRNA子网络,其中每个RNA都可以作为胰腺癌预后的生物标志物。

DOI:10.18632/aging.101933

参考文献

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