肌联蛋白(Titin)和膜蛋白数据库(Membranome)介绍

今天介绍的两个蛋白数据库一个是关于肌联蛋白的(Titin),另一个是关于膜蛋白的(Membranome)。

Titin(肌联蛋白)是目前已知的最大的蛋白质,它的分子量为2700kDa(25000多个氨基端),根据IUPAC(国际理论和应用化学联合会)命名规则,该肌联蛋白的名字足足有189819个字母,是世界上字母量最大的单词,快速读完这个单词需要3个多小时,即读完它的全部25000个氨基酸名称~~~

 

肌联蛋白的数据库,TITINdb,http://fraternalilab.kcl.ac.uk/TITINdb/。该数据库的开发团队来自于神秘的King’s College London,都是王的人,orz

肌联蛋白是骨骼肌纤维中第三类丰富蛋白质,结构也十分复杂,研究表明,其与胸腺瘤重症肌无力、心肌病以及肌肉相关的呼吸衰竭等多种疾病相关。

 

选择Search进行详细的搜索,右上角提供了蛋白质域的搜索。

详细搜索中我们可以根据同型氨基酸的位置、SNP位点的ID以及疾病类型进行检索:

(网页Tutorials原图)

比如我们搜索ARVC,得到下列结果,点击相应的Domain即可查看详细信息

随后点击这里即可进行可视化操作

显示gnomAD数据库来源的SNVs信息,不同的颜色表示SNVs的出现频率

而我们之前检索的ARVC相关的SNVs可视化结果如下,黄色表示它处于surface的位置,红色则表示buried。

膜蛋白数据库Membranome,http://membranome.org/是由美国密歇根大学的研究团队开发的数据库,包含了6个物种6039个单次跨膜蛋白(bitopic transmembrane proteins)的信息。该数据库提供了详细的膜蛋白分类,由于膜蛋白的功能十分复杂,所以系统的分类能够让我们更好地理解它们的生物学功能和作用。

在Tixins这一类中我们可以搜到MPEG1这一蛋白(唯一的人类物种)。它的3D结构可以通过下图中右侧的外链打开。

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