UK Biobank数据申请的基本流程

UK Biobank简称UKB,是目前为止世界范围内最大的人群研究之一,尤其是基因组测序数据,应该是全球最大的基因组数据,没有之一。这些数据是对外开放的,可供全球范围内的研究者申请使用。关于UKB相关的论文,我在这里就不絮叨了,大家可以去PubMed搜索一下。
接下来向大家介绍一下UKB数据申请的基本流程,主要分为以下几个大块:1)申请账户;2)数据申请;3)项目进行。

登录UKB的官方网址https://www.ukbiobank.ac.uk/后,页面如下:

可以逐一点击熟悉菜单栏。我们直接进入UKB数据申请的基本流程介绍。

账户申请

点击上图中的Research login后,即可进入下面的页面:

点击Sign up to access UK Biobank resources可进入申请界面,并逐一完善个人信息后,点击Sign up。

点击之后,注册成功会看到以下界面,并且会收到注册完成邮件。

收到邮件后,点击‘Activate my registration’激活自己的账户。

进入激活页面后,就可以看到下图:

继续点击‘here’即可进入登录页面进行登录:

登录后进入以下页面:

点击‘Registration’进行注册,注册表格内容较多,需要逐一完成。注意其中一步要求必须有所在机构的个人邮箱(如****@fudan.edu.cn)。

逐一完成注册表格后点击‘Submit registration’提交注册申请,并且会提示正在under review。

如果有其他问题或者提示注册申请通过,会在个人界面信息栏发送消息。Review过程大致两周左右。

至此完成账户的申请和注册。再次登录界面后可看到菜单栏的内容有所增加。

数据申请

点击‘Start new application’开始数据申请。

完成申请表格,也就是proposal。主要包含以下几块:

A. Application details (主要是研究的背景、目的、方法、计划等等,按要求填写即可,内容不必太多)

A1. Project title

A2. Research questions and aims

A3. The background and scientific rationale of the proposed research project.

A4. A brief description of the methods to be used.

A5. The type and size of dataset required.

A6. The expected value of the reseach

A7. Keywords

A8. Lay summary

…..

B. Selection of data-fields。这一步最为关键,选择需要申请的各种数据。

进如Data Showcase,点击Browse,可以浏览和选择数据。

C. Selection of samples。这一步是可以选择申请样本,但申请样本费用据说很高,并且审批难度也会相应的提高,毕竟样本比较珍贵,不是任何人都可以申请得到的。

D. Re-contacting participants。是否需要重新联系研究对象,如果需要重新联系随访对象,费用肯定会相应的增加。

这一步有个技巧,进入UKB主页可以找到Approved study的选项,点击进去之后有许多已经批准的研究。可以参考其他人的proposal的形式,并且可以检索,在一定程度上也可以避免与其他研究计划的重复。

表格填写过程中可随时保存退出,再次登录后可继续填写。

在申请界面中除了Application form外,还有Collaborators和Payments界面。

Collaborators即添加合作者,合作者可以来自本单位或者外单位,按要求添加信息即可。但对方必须申请UKB账户并且注册成功后才能添加。另外需要添加Materials Transfer Agreement information at Credit,这个联系人一般不能是申请者本人。

完成申请表格和合作者之后即可提交申请。提交后不能修改,如果需要修改,只能提交新的申请,并且最好发邮件告知某个申请编号取消申请。

提交申请后需要付费(相当于手续费)后才会继续进行review。付费界面如下:

按照步骤付费即可,付费完成后一个月左右可以收到项目是否申请通过的通知。通过后需要再付一笔数据申请费用,这个费用视申请数据的多少是否涉及样本和重新联系受试者来定。同时需要进行Material Transfer Agreements (MTAs),申请人和MTA联系人会收到邮件进行MTA,按照邮件的要求,点击‘REVIED DOCUMENT’进行查看,签字确认后即可。

完成后即可等待数据发放。

收到数据发放的邮件或者申请界面如下后表示数据已经发放。

继续点击‘View/Update’,进入Data选项,即可看到数据发放的界面:

并按照数据下载的要求进行下载。

项目进行

一般要求每年汇报研究进展,发表论文或参加学术会议时,要在提交论文或会议摘要至少前两周将详细的内容反馈给UKB的项目系统。

以上是UK Biobank数据申请的基本流程,仍有许多细节没有涉及,有兴趣的同行可以在申请过程中逐渐了解。最后我们要感谢UKB为全世界提供了这么优质的研究资源,也希望各位能利用这样的优质资源多发paper,为人类健康事业发光发热。

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