MethSurv:DNA甲基化生存分析平台

MethSurv是一种基于CpG甲基化模式进行生存分析的网络工具,其利用了来自“TCGA”的25种不同人类癌症的7358个甲基化数据,使用了Cox比例风险模型开发了用于生存分析的交互式网络工具。MethSurv能够对位于查询基因附近或附近的CpG进行生存分析,同时为了进一步挖掘,还可以提供对查询基因的聚类分析,以将甲基化模式与临床特征相关联,并筛选出每种癌症类型的主要生物标志物。

MethSurv从TCGA  GDAC Firehose(http://gdac.broadinstitute.org/)下载了处理过的甲基化数据(第3级数据,HM450K ),使用Biotab实用程序将下载的甲基化数据与包括生存状态,患者特征(年龄,性别,身高,体重,种族等)以及临床病理特征(例如癌症的分期和等级等)的临床数据进行了匹配。 

对于不会编程的科研人员来说,MethSurv工具是一个十分有意义的平台,可以对基于甲基化的癌症生物标记物进行初步筛选评估,在几秒钟内生成分析结果,对甲基化研究带来很多便利。

MethSurvhttps://biit.cs.ut.ee/methsurv

网站使用教程:

进入MethSurv主页,我们可以看到该网站对于甲基化分析主要分为五个部分,Single CpG、Region based analysis、All cancers、Top biomarkers和Gene visualization。

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 Single CpG

MethSurv可以使用TCGA HM450K癌症甲基化数据集中的任何可用基因来预测单个CpG位点的癌症存活率,网站提供了单个CpG位点的详细概述,并提供了选择基因组区域选项,将高低甲基化患者群体分为两类临界点。

在页面左侧分别选择癌症类型、研究的基因、CpG区域、基因区域、探针、生存分组时的设置方法,最后选择是否校正协变量。

MethSurv使用Cox比例风险模型基于患者CpG部位(探针)的甲基化水平执行单变量和多变量生存分析。通过Kaplan–Meier(KM)图可以看出较低和较高甲基化患者组之间的生存差异,X轴表示以天为单位的生存时间,Y轴表示患者生存的概率。

使用分析页面中的密度图来可视化突出显示将患者甲基化水平二分法的临界点,突出显示在MethSurv中评估的所有截止点。不同的分界点由不同彩色文字表示,红色数字表示当前使用的分界点以对患者进行分组,由此来探索与查询基因有关的其他信息。

小提琴图以可视化查询CpG位点的甲基化分布、中位和四分位数范围与患者特征(例如年龄,性别,临床阶段有关)等,小提琴图显示了不同年龄组之间的甲基化水平。

网站还提供了外部浏览器的链接,包括“ GeneCards” ,“ COSMIC” 和“ Gene Ontology” 。

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 Region based analysis

我们可以使用“Region based analysis”分析选项检索任何特定癌症类型,选择的基因组区域可用一种或多种CpG进行生存分析。

检索会展现染色体上探针的生存分析结果,包括HR、CI、P-valu、LR-test-pvalue等相关数据信息。

选择一个探针后,也可以显示生存曲线图,下方可以选择自己需要的图片格式进行下载。

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 All cancers

用户可以使用“所有癌症”标签搜索感兴趣的基因,以探索该基因中所有可用CpG在一种或多种癌症类型中的生存分析。因此,“All cancers”选项和“Region based analysis”的分析选项提供了一种直接的方法生成的合并视图,研究来自所选基因或基因组区域中哪些CpG具有最佳预测癌症生存的特性。

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 Top biomarkers

Top biomarkers可以提供所选癌症类型排名靠前的生存生物标志物(根据HR和p值),以便于同时测试整个基因组中的所有CpG标志物。KM图可以从“All cancers”选项,“Region based analysis”分析选项和“Top biomarkers”选项中的任何选定CpG进行交互绘制。

点击表格左侧的方框即可获得生存分析图。 

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 Gene visualization

这里会以热图的形式对所查询基因中单个CpG进行聚类分析,将甲基化水平与可用的患者特征和基因亚区域相关联。通过单击“ Browse in ClustVis”链接进行高级聚类可视化。热图甲基化水平(1 =完全甲基化;0 =完全未甲基化)显示为从蓝色到红色的连续变量。行对应于CpG,列对应于患者。
MethSurv可将大量TCGA数据中总体癌症存活率与DNA甲基化水平相关联,研究甲基化水平与患者生存率之间的关系,探索新的癌症生物标志物。MethSurv是第一个使用多变量生存分析评估DNA甲基化生物标志物预后的工具,可以识别和交互式浏览每种癌症的排名靠前的生物标记,可以进行所有CpG位点的聚类分析,以将DNA甲基化与患者特征等信息关联,不仅可以进行实验前标志物筛选,还可以成为甲基化生信分析的得力工具,让不会编程的科研人员在线操作即可评估候选生物标志物。
工具介绍

Origin App下载方式

2020-3-18 16:01:28

工具介绍

利用BioGPS查询基因在细胞或组织中表达量教程

2020-3-20 0:24:15

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