血清标志物数据库:AAgMarkers、BBCancer

对于一个疾病的诊断而言,其金标准都是病理检测等有一定有创性的指标检测,这种检测方法对于患者损伤极大,所以如果能在血液当中找到一个疾病相关的诊断指标的话,那对于诊断和随访而言就很有方便的。今天就给大家介绍两个用于筛选诊断标志物的数据库。

AAgMarkers(http://bioinfo.wilmer.jhu.edu/AAgMarker/index.jsp)以及BBCancer(http://bbcancer.renlab.org/)
 

AAgMarkers

AAgMarkers是一个利用蛋白组芯片来寻找不同疾病之间血清学标志物的数据库。AAgMarkers目前支持12种疾病,分别是: 急性髓性白血病(AML)、阿尔茨海默病、基底样乳腺癌、Behcet’s Disease 、早期帕金森病、肾移植、脑膜瘤、骨髓增生异常综合征、帕金森病、原发性胆汁性肝硬化、1型糖尿病和2型糖尿病

这个数据库包括两种检索模式:具体蛋白检索疾病所有数据查看

1具体蛋白搜索

输入

我们需要数据的是 想要检索的蛋白同时选择想要查询的疾病即可。

我们输入PTCD2并在所有疾病中检索。

输出

  • 首先得到的是这个蛋白在各个数据库中有差异的结果。同时也提供了下载的地方。

  • 我们点击每个疾病前面的蛋白链接,可以得到其具体信息,其中主要包括:
  1. 蛋白的信息

  1. 所有分析的数据库信息

  1. 这个蛋白作为biomarker的具体信息以及相关分析的图形

 

2疾病所有数据查看

由于数据库就只支持12种疾病,所以,我们只需要选择自己想要查看的数据库就行。

例如,我们点击: “Acute Myeloid Leukemia”。就可以看到所有的数据结果,同时选择下载就可以下载所有的结果了。

3下载

这个数据库也提供了Download功能。

但是原始数据的下载和之前那个 疾病所有数据查看 的结果是一样的。并不是原始数据的那种。所以如果想要原始数据在分析点儿什么的话,只能去GEO里面找相关数据集了。

BBCancer

首先从名字来说,这个数据库做的就是肿瘤相关的指标检测。这个数据库一共包括15种肿瘤的结果。另外的话,上面的数据库数据来源是蛋白质谱芯片,做的也是蛋白相关的指标。这个数据库使用的数据则是血液的二代测序或者芯片数据,所以找的是6种不同的RNA作为指标:分别是 messenger RNAs(mRNAs), Long non-coding RNAs(lncRNAs), microRNAs(miRNAs), circular RNAs(circRNAs), tRNA derived fragments(tRFRNAs) and Piwi-interacting RNAs(piRNAs)

这个数据库也提供了两种检索方式,具体信息检索以及已知标志物查看

 
1具体基因检索

这里我们需要提供的是基因名即可。如果不提供基因名则会显示所有结果。

同时,我们可以点击相对于的具体基因的肿瘤的结果,就可以看到详细的数据结果了。

 
2已知标志物查看

另外这个数据库也整合了,已知的一些标志物,方便我们查看在其他肿瘤当中这些标志物是不是有意义。

我们只需要点击 Full Name 的链接就可以看到和上面一样的具体的结果了。这里就不展示了。

3数据下载

这个数据库不仅提供了差异表达分析的结果下载,同时还提供了表达水平的结果下载。这样也方便我们进行自己的数据分析DIY了。

数据库总结

以上就是两个血清标志物相关的数据库。关于这些标志物的筛选,其实也是高通量测序的结果,只不过用的样本是血液而已。基本上如果要研究,也是需要进行验证的,如果有研究诊断标志物的可以去查查看。

PS:AAgMarkers这个数据库是17年发表的文章。。有需要查这个数据库的同学,建议把数据全部下载下来。。这么久了,说不准服务器快关闭了。

工具介绍

lncRNASNP2:SNP对lncRNA调控影响数据库

2020-4-16 17:37:35

工具介绍

ENCODE:转录调控数据库

2020-4-16 17:41:25

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