BioGRID:蛋白质相互作用数据库

关于探究的蛋白质相互作用的数据库,之前介绍过STRING就是这样的数据库,为什么很多生信的文章都是使用STRING来探讨基因之间的相互作用关系,主要原因还是STRING支持输入多个基因,寻找多个基因之间的相关作用关系。但是如果我们只有一个基因的话,想要知道这个基因和其他什么基因有关系的话,这个时候,STRING虽然也能做,但是预测的结果和结果的多样性就没有另外一个数据库好了。这个数据库就是 BioGRID (https://thebiogrid.org/ )。 
具体操作

打开链接,官网界面如下,使用起来非常简单,在搜索框输入基因名称、选择物种、提交, 3步即可得出结果。

举个栗子:YTHDF1
 

提交后可得到如下检索信息:

1.     该基因的基本信息,如:别称、GO、转录后修饰情况等,并提供外源数据库链接。

2.     基因间的相互作用方式、具体检测方式及其所占百分比。

3.     基因相互作用的详细信息及下载。

Interactors菜单下,可以看到与“YTHDF1”蛋白相互作用的全部基因,具体展现方式可以依据证据的多少或者字母顺序,也可看相互作用基因的转录后修饰信息。

通过Network菜单,可以显示该蛋白质的相互作用网络,点击该网络内的任意节点或者连线,均可显示相关信息。
 

 
絮絮叨叨

之前有小伙伴提问说,多个蛋白相互作用的数据库获得的结果不一样怎么办?如果是相同的数据进行相同的分析的话,结果肯定是一样的。正因为数据库纳入的数据不一样,同时数据库选择的分析方式也不一样,所以才会导致结果不一样的。这个严谨一些的,应该看看发表的文章里面介绍的使用的是什么数据进行了什么分析。如果懒得看的话,既然数据库文章都发表了,那就说明数据库的算法是经过同行专家同意的,所以我们可以取交集或者并集的方式来获得基因相互作用的其他基因。

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