转录调控网络数据库TRRUST介绍

TRRUST (Transcriptional Regulatory Relationships Unraveled by Sentence-based Text mining) 是人工注释的转录调控网络数据库,目前的第2版包括两个物种——人和小鼠。

TRRUST数据库包含800个人的转录因子和828个小鼠转录因子,包含的人和小鼠的转录因子-靶标调控关系分别是8444和6552对。这些数据来自PubMed的11237篇关于转录调控的低通量实验研究的文献。

使用TRRUST数据库,可以很方便地查询与任意一个基因相关的转录调控,还可以查询调控一组基因的关键转录因子。下面举例说明这两个方面的应用。

一、查询一个基因

以NFkB为例, 查询方法如下:

如果输入的基因本身是编码转录因子的基因,则会输出该转录因子的靶基因、调控该转录因子的其他转录因子、以及与该转录因子有共同靶基因的其它转录因子的列表,还会输出该基因相关的疾病、KEGG、GO等功能注释。如果输入的基因不是一个转录因子,则只会输出调控该基因的转录因子。这些结果都可以下载。

NFkB本身是转录因子,下表显示了它调控的靶基因,这对调控关系是激活、抑制、还是未知,以及报道这对关系的文献的PubMed ID。右边是以HumanNet为背景网络构建的靶基因之间的功能关联网络。点击下载图标可下载左边的表格。

类似地,调控NFKB1的转录因子的列表如下面左边,右边是这些转录因子之间的蛋白相互作用网络。

与NFKB1调控相同靶基因的转录因子的列表如下:

与NFKB1相关的疾病:

与NFKB1相关的KEGG和GO通路:

二、查询一组基因

以网站提供的数据为例,这是人的乳腺癌中敲除了ESR1基因后得到的33个差异表达的基因。将基因列表粘贴到框里,点击提交:

搜索找到了其中12个基因的转录因子,ESR1调控了其中的6个基因,排名第1,说明ESR1是调控这一组基因的关键转录因子。见下表。

参考文献:

Heonjong Han et al. TRRUST v2: an expanded reference database of human and mouse transcriptional regulatory interactions. Nucleic Acids Research 26 Oct, 2017

工具介绍

SymMap:中医药证候关联数据库

2020-6-19 13:24:02

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图形化生物软件专题(1):tablet

2020-6-19 21:15:27

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