图形化生物软件专题(3):TBtools

写在前面

TBtools 命令行接口一直保留着我开始开发 TBtools 的时间。至今已有五年,也迭代了 至少150个的版本,累计不少于10000用户 。TBtools 与用户群体一直是共同成长。五年时间,直接可以覆盖了一个直博的硕士,从入学多到博士毕业并就职。

  • 2015年,开始 TBtools 开发
  • 2016年,对外释放 TBtools
  • 2017年,迭代开发绘图引擎 JJplot -> JJplot2 -> JIGplot
  • 2018年,在用户的催促下,我草草投了一个bioRxiv预印本。
  • 2019年,在博导的帮助下,修改并提交了预印本的 Version 2。
  • 2020年,即近期,我们再次修改并提交了预印本的 Version 3。

目前这个预印本,我觉得基本拿得出手,因为他可以大体说明清楚 TBtools 的一部分不错的特性。现,我将最新版本的预印本 http://biorxiv.org/content/10.1101/289660v3 解读如下。

TBtools 的开发目的

为湿实验生物学家开发 – Developed for wet-lab biologists

一图胜千言,引用代表我的心。

2019至今,已有350+引用(0月0日至0月0日,共不到 00天,平均每天 1 个 citations)。

开发成一个功能相对全面的工具 Developed as an integrative toolkit
TBtools 伴随着我个人课题和实验室课题需要,功能不断增加与完善,同时也兼顾上万用户的“狂怼怒喷”。当前已释放 GUI 功能 130+ 个,覆盖大多数生物信息学数据常见分析需要,如序列提取,BLAST,功能富集,文本处理,可视化,甚至还有两个小游戏!

开发为交互式数据分析工具 Developed to interactively present data

可视化只是可视化,可视化分析才是王道。为此,如上述,我迭代了两个版本,开发了专门的绘图引擎,JIGplot。交互式操作,有助于用户更好地了解和探索数据。以热图工具为例,充分的参数开发。最终得到一个结果:

别人教你用十个工具画一种热图,用TBtools,一个功能你可以画十种热图。

TBtoos中备受喜爱的功能

简单阐释这张图中设计的功能:

  1. 卡通热图功能:世上唯一一款本地化GUI实现
  2. 个性化热图:拖拽图例,定点缩放,热图环化,世上第一款本地化GUI实现【其他的都是Follower】
  3. Simple Circos:Circos图的本地GUI工具当然有,但是体验好的只有 TBtools
  4. Upset Plot: 世上第一款本地化GUI实现【其他的都是Follower】
  5. 自动化共线性模块挖掘:Emmm….识货的才知道其交互分析的有用之处
  6. 基因家族相关可视化工具:人狠话不多,世上第一款,反正很多人用。
  7. 染色体柱形图特征可视化:其实不少隐藏选项….
  8. 进化树注释工具:这个…也挺好用的。你会R,那就ggtree;你不会R,那就TBools。
  9. Fasta序列提取工具:啥也不说,用的人太多。反正,我认为有需求,大家都不想写的功能,我写了。
  10. 强大的基于GTF/GFF3的序列提取工具:写得是真好,目前没有更好的了。

写在最后

TBtools 能干啥?我也不知道。
但是我知道,他必然得到认可。
五年前,TBtools 伊始。有不少人看不上,甚至吐槽 laji。
五年后,我看到一些平台,甚至是已经发表的软件在 copy TBtools 的一些交互式特点。虽然我个人觉得 TBtools 没发表,而我个人思考和设计出来的交互式模式被已发表的软件cp,有点别扭。不过,有 followers,却也说明 TBtools 流弊!
一句话总结:
只要你觉得自己做的是对的,那就一直做下去。
时间,会告诉你答案。

工具介绍

图形化生物软件专题(2):IGV

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