R语言三行代码制作森林图教程

昨天小何同学辛辛苦苦学习并和大家分享了如何使用Exel制作新英格兰水平的森林图。

看的出来,是相当漂亮的。

不过在使用Exel制作森林图过程中,需要手动添加很多辅助线,反复设置线条标记,粗细,最后还要将表格和森林图进行对齐,过程相对繁琐。

大概是因为制作过程比较痛苦,于是小何许愿说希望有三行代码就可以解决的办法。

本着关爱师弟就有饭吃的原则,今天就分享一下如何在R中使用代码制作森林图。

其实我们经过统计分析之后,得到的数据本来是这样的:

如果这个样子拿去投稿,大概会被审稿人这样说:

那好吧,那就用三行代码搞定它。

小黑屋屋主:众所周知,“三行代码”是个成语,寓意事情轻而易举。

这里分享的是使用是“forestlpot”包制作森林图的方法。

首先,我们把需要作图的数据排整齐成上面的样子,从左到右依次为:分组变量,每组患者数量,HR及95置信区间,P值,HR值,95%置信区间下限,95%置信区间上限。

这样前面4列就是我们需要在表格中呈现的信息,右边3列就是我们做森林图需要用到的数据。

这里需要注意,右边3列是没有标注列名的。

将整理好的数据文件另存为csv格式,就可以开始作图啦~

话不多说,直接上代码。

这是一行代码

打开RStudio,载入“forestlpot”包

设置文件路径

导入刚刚整理好的CSV数据

关联数据文件,使得后面的操作限定在本数据文件内。

接下来的代码含义如图中的紫色备注

 

最后在R界面的右下角会看到一张奇丑无比的森林图。

小何:??????师兄你就给我看这个?

莫急莫急,这个样子是因为这个狭小的空间导致了矢量图的缩放。

点击上面的Export,保存为PDF文件,选择格式为15*12 inch。

最后导出为15*12英尺的PDF文件就可以啦~

看一下效果图

 

总的来说,使用R制作森林图看起来相对轻松,但是其实代码中包含的参数其实也不少,相比于“找到按钮点下去”的Exel操作模式,R中的参数调节完全靠修改代码中的数字进行,反复调整下来可能也没有想象的那么轻松哦~

三行代码:

参考文献:https://mp.weixin.qq.com/s/4uxIhoKuQ2JmB_Hz3k5rug
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2020-6-28 23:05:35

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