GEO数据挖掘的结果与TCGA的结果相反怎么办?

很多人在做数据挖掘的时候都是比较喜欢GEO联合TCGA,但是有时候出现比较变态的结果。例如,在GEO数据挖掘中的差异分析中,得到某基因在癌症组织中的表达比正常组织的高(上调),但是在TCGA数据的差异分析中,这个基因在正常组织的表达高于癌症的(下调)。现在问题来了,出现这样的结果,我们应该怎么办?

 

 

面对这样的结果,你可以尝试分析一下原因:

 

1、样本数量差别较大

GEO芯片数据一般样本比较少,只有几个样本,或者十几二十个是常见,而TCGA是比较大的,通常都是上百的,甚至几百上千

 

2、人群不同,年龄这些不同,例如很多芯片都是用中国病人测得的,而TCGA多数是美洲人

 

3、芯片的结果与RNA-seq的结果还是有差异的

 

这样的结果,你是写文章是非常痛苦的,因为很有可能需要你自己收集一定数量的病人数据进行测量,芯片和RNA-seq进行测定,但是一般人都是没有这样的经费,也没有这么多时间收集病人数据。因此,出现这样的结果,大家往往都是放弃这样的结果。

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