手把手教你画漂亮的和弦图(上)

sci666小粉丝们,大家好,今天我们开启R语言绘图的旅程,第一站我们看一下,今天要绘制的图长什么样?如下两张图:

看到这种图,有没有眼前一亮呢?这种图是通过链接对对象之间的关系进行圆形可视化。这种图的名字叫做弦图。在circlize中,很容易以一种直接的或高度定制的方式绘制弦图。弦图从4个层次显示了关系的信息。1. 链接直接显示对象之间的关系;2. 链接的宽度与关系的强度成正比,这种关系比其他图形映射更具有说明性;3.颜色可以是链接的另一种图形映射关系;4. 扇区宽度表示连接到其他对象或连接到其他对象的对象的总强度。

说到绘图,我们这里借助R语言来实现。那么R语言绘图 需要什么呢?当然是相应的R包了,比如我们常见的ggplot2,但今天我们绘制的circle图需要的不是ggplot2,我们给大家介绍一个包— circlize 包。下面我们直接进入正题。

1. 安装circlize包,安装包直接用install函数即可,安装好之后,需要加载,利用library函数即可1.    安装circlize包,安装包直接用install函数即可,安装好之后,需要加载,利用library函数即可

2. 数据生成首先,我们生成一个随机矩阵。

3.画圈必备chordDiagram函数,由于circlize包中含有非常多函数,我们可视化相关性的关联关系,我们最多用的便是chordDiagram函数。最简单的用法是使用chordDiagram 函数处理mat即可。

便出现下图:

我们便会看到所有的边的连接关系均是S和E之间相互联系,那是因为在我们的mat矩阵中,行和列便是形成连接关系的点,数值代表连接线的粗细。扇区的排序则是按照列名和行名的顺序进行排序的。

4.自定义排序。扇区的顺序可以通过order参数来控制。

生成的图形如下:

5.更改第一扇区起始位点及gap。与普通的圆形图类似,第一扇区(即邻接矩阵的第一行)从圆的右中心开始,扇区按时钟顺序排列(顺时针),我们可以设着start.degree更改起始点。此处我们设置start.degree为顺时针旋转90度,行扇区和列扇区的间距设置为10.

图如下:

6. 颜色配置

网格的颜色可以通过网格设置。

连接颜色更改可以通过一个颜色矩阵进行更改,我们使用rand_color()来生成一个随机颜色矩阵。

就会生成如下的结果

当关系的强度(如相关性)表示为连续值时,col也可以指定为自定义的颜色映射函数。chordDiagram()接受colorRamp2()生成的颜色映射

好了

第一个关于弦图的绘制先讲到这

咱们下次再见!

生物信息学

手把手教你画漂亮的和弦图(下)

2019-5-11 14:01:53

生物信息学

R语言系列第六期:②R语言基本绘图(下)

2019-5-12 14:00:56

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