快速找到课题的工具——TargetScan、miRanda、mirbase

在我们实验室有一个说法:看文献就像逛淘宝,总有一天你能挖到宝。对于科研工作者来说,这个宝莫过于课题和科研神器。还别说,笔者今天还真挖到了几个不错的科研神器,下面为大家分享一下。

笔者今天拜读的这篇文章于5月7日发表在European Journal of Pharmacology杂志上,影响因子为3.04,通讯单位是广西医科大学第一附属医院。

这篇文章讲述的是MicroRNA-486-5p通过靶向PTEN来抑制冠状动脉微栓塞诱导的心肌细胞凋亡,具体研究内容我就不细讲了,主要来看看本文的科研神器。在文章中,作者明确指出,通过TargetScan7.1, miRandamirbase三个网站来预测miR-486-5p的靶点为PTEN,后续研究也以此而展开,我在这里给大家讲讲这三个科研神器的用法。

 

 

1. TargetScan7.1

网址为http://www.targetscan.org/vert_71/。进入首页后,可以看到该网站的一些信息,比如7.1网页版于2016年6月投入使用,最新可用的版本是7.2,此外该网站是一个预测哺乳动物中microRNA靶标的网站。

在下方就是预测界面了:

1区域是选择需要预测的物种,目前该网站提供10个物种,这里选择了网站默认的human;

2区域是基因名称输入栏,其主要功能是知道靶基因,预测靶基因的microRNA;

3区域是microRNA选择区,既可以根据microRNA不同类型进行选择,也可以直接输入microRNA名称来预测靶基因,比如在这里我输入网站提供的miR-9-5p。

点击submit,进入搜索结果页面,可以看到,该网站预测了很多miR-9-5p的靶基因。

2. miRanda

网址为http://www.microrna.org/microrna/home.do。进入该网站,可以看到页面很简明。miRanda这个网站是研究microRNA比较早期的一个数据库,早在2010年就被开发应用。在miRNA搜索栏中输入待查询的microRNA,这里我们输入网站提供的范例let-7a;随后是物种选择,该网站目前仅提供5个物种,这里我们选择默认的homo sapiens。

 

点击Go进行搜索,可以看到根据该网站预测let-7a的靶基因有5436个,点击links栏中的view targets获取靶基因信息。

 

在刷新的页面中可以看到靶基因的具体信息以及mirSVR score,该分数越小,表示此靶基因的概率越大。

 

 

3. mirbase

网址为http://www.mirbase.org/。进入网站后,搜索界面位于右上角,当前应用的是2018年10月更新的22.1版本,该数据库总共包含38000多个miRNA,是一个很全面的miRNA查询数据库。在搜索栏中同样需要输入microRNA的名称,这里我输入网站自带的范例mir-181a。

 

输入后,点击Go,在页面中会出现多种不同物种的microRNA信息,这主要是因为我们在输入microRNA时没有加上种属信息,这里我们选择人源的hsa-mir-181a-2。

 

点击Accession号MI0000269,待刷新后可以看到hsa-mir-181a两种不同的成熟体形式,分别为5p和3p。在靶标预测栏目中,可以看到链接了四个microRNA靶标预测网站,点击任意一个网站就能获得hsa-mir-181a的预测靶基因。

可以看到,有了这三个microRNA靶蛋白预测神器,我们就可以轻松的找到课题思路和机制,文章题目都想好了,直接是MicroRNA XXX靶向YYY蛋白来调控功能。这种3+文章套路真的不是个例,笔者稍微查询一下就看到了很多类似的文章,比如下面这篇5月10日发表在Cancer Medicine的文章基本也用到了相同的套路。

而且在该文章中,作者也明确指出通过TargetScan网站预测miR-4286的靶基因。

是不是很强大,科研同行们,有了这几个神器,课题分分钟就能活化,还不赶紧试一试。

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