环状RNA(circRNA)数据库大盘点,总有一个你想要的

说起环状 RNA, 现在大家都是家喻户晓了。2018 年是环状RNA大爆发的一年, 据统计, 2018 年国内外环状 RNA 领域发表 SCI 文章高达 8167 篇, 比 2017 年增长了 10 多倍, 产量呈现指数性地暴涨。

国内外环状 RNA 领域发表 SCI 文章

对于研究 circRNA 的小伙伴们来说, 总有那么几个让他们爱不舍手的助力神器, 今天小编就来给大家汇总几个常用的 circRNA 数据库或在线软件。

1. Circbase

(http://cirbase.org/) 

这个数据库收集了几千条在真核细胞表达的 circRNAs,是个公共 circRNA 数据集, 有相应 circRNA 详细信息,还可以下载 circRNA 序列。

 

 

2. CIRCpedia v2 

(http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/)

CIRCpedia v2 是一个更新的综合数据库,包含来自 6 个不同物种的 180 多个 RNA-seq 数据集共 262782 条的 circRNA 注释。该数据库允许用户搜索、浏览和下载具有各种细胞类型/组织(包括疾病样本)表达特征的环状 rna

此外,更新后的数据库包含了人类和小鼠之间环状 rna 的保守性分析。

3.Circular RNA Interactome

(http://circinteractome.nia.nih.gov/Circular_RNA/circular rna.html)

该数据库预测了已知的 109 个 RNA 结合蛋白数据集与 circbase 中的 circRNA 的结合位点,并利用 Targetscan 软件预测了 miRNAs 与 circRNA 的潜在结合位点。此外, 该数据库还可以用于设计环状 RNA 引物, 针对环状 RNA 的 siRNA。

4. circRNADb
(http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php)

 

首个汇总编码蛋白环状 RNA 的数据库, 共收录了 32,914 个带注释的人类外显子 circRNA, 是一个完整的人类环状 RNA 分子数据库, 每条记录包含详细的基因组信息、 RNA 编辑情况、 IRES 序列元件、 预测的 ORF 等信息, 可以作为大规模研究人类 circRNA 的宝贵资源。

可以根据基因名、细胞类型、pubmedID和蛋白编码能力浏览:

这里展示的是有蛋白编码证据的circRNA:

 

 

5. TSCD (tissue-specific circRNA database)

( http://gb.whu.edu.cn/TSCD)

 

此数据库是一个系统分析组织特异性环状 RNA 数据库包含人和小鼠 2 个物种, 16 种组织的特异性环状RNA。

比如心脏特异性表达的circRNA:

及预测结合的miRNA:

6. MiOncoCirc

(https://mioncocirc.github.io/)

由密歇根大学开发的由癌症临床样本汇编的环状 rna 数据库在这个数据库里面可以查询到某个 circRNA 在不同癌症临床样本的表达情况:

7.CSCD(cancer-specific circRNA database)

( http://gb.whu.edu.cn/CSCD/)

 

这个数据库是由武大何春江教授发布一个全新的肿瘤特异性 circRNA 数据库。 

根据肿瘤细胞查找circRNA:

 

8. exoRBase

(http://www.exoRBase.org)

 

这个外泌体环状 RNA 数据库是由复旦黄胜林教授开发的。exoRBase 数据库共收录了 58330 种 circRNAs, 15501 种 lncRNAs, 18333 种 mRNAs,它们来自 92 份血清外泌体 RNA-seq 测序样本。作者还依据GTEx project 获得组织特异性 RNA 表达特征,分析了相关 RNA分子的组织来源。

9. circRNADisease

http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/

 

这个数据库收录了48种疾病和330条circRNA,共有354条信息,数据库可以浏览、搜索和下载,比如我们直接单击左侧的动脉粥样硬化,右侧就可以看到相应的信息:

以及报道该circRNA与动脉粥样硬化的文章:

另外,我们还可以根据circRNA、母基因以及疾病进行搜索:

当然,最直接的就是下载了:

这是下载好的excel,我们也可以直接搜索查看:

杂谈

确认过眼神,是值得挖掘的单细胞测序数据库

2019-5-16 19:45:52

杂谈

单细胞测序是什么

2019-5-16 19:46:53

0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索