ClueGO生信作图进阶技巧及实操演示

在之前的文章中,给大家介绍了ClueGO的基本使用方法(生信分析绘图神器,你值得拥有!),今天给大家介绍一些进阶用法和实操演示。

 

在先前介绍过的一篇生信文章中(不做实验,只挖掘数据库怎么发五分文章?)有这么一张图,图中展示了miRNA的靶基因所对应的信号通路,非常直观地展示了miRNA可能对哪些信号通路产生了影响。

下面本宫介绍一下这张图的作图方法。

首先选择CluePedia功能,然后输入两个miRNA的名字,Start!

选中这两个miRNA,利用miTarBase数据库(这个数据库不在默认列表里,点旁边的下载选项可以下载该数据库)进行分析。

 

然后选择ClueGO功能,Ctrl+A选中所有基因,选择导入network,将刚才分析出来的所有基因导入到表中,选择KEGG分析,并设置成只显示pV<0.05的通路以及富集结果至少包含2个基因

 

选择显示基因

 

但结果中并没有包含miRNA

我们还需要添加两个miRNA

然后再选中这两个miRNA,用miTarBase数据库将miRNA与刚才筛选出来的靶基因进行关联(我们前面的步骤实际上是一个筛选靶基因的过程)。

 

最后,见证奇迹的时刻~~

 

当然了,为了展示的更加清楚,网络图还可以进行美化调整,这里就不做演示了。

 

ClueGO中另一个常用的关联数据库是STRING数据库, 在下面这张图中,我们还可以添加STRING数据库的分析结果。我们选中Bladder cancer相关的基因进行分析。

 

相互间作用类型,相关阈值以及基因数量都是可以自己设置的。这里本宫选择了Activation和Inhibition两项。

 

最后画出来是这样的:

 

ClueGO当中还有许多其它数据库可以使用,目前一共有26个数据库。

 

此外ClueGO也是有许多其它外链可以使用的

 

今天就策到这里了,大家如果在别的文章中有看到利用ClueGO做出来的网络图也可以在本文下面留言,本宫会尽可能给大家展示重现的过程。

 

生物信息学

不做实验SCI论文发发发系列之——ceRNA网络

2019-5-16 19:44:55

生物信息学

不做实验的纯生信文章最多能发几分的sci?

2019-5-18 16:16:35

0 条回复 A文章作者 M管理员
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