确认过眼神,是值得挖掘的单细胞测序数据库

考虑到单细胞测序的火热趋势,此前已经有多期推文介绍过,单细胞测序相关的内容,例如:自己做不起单细胞测序,别担心,有数据库可以用啊!目前介绍的单细胞测序结果的专业数据库主要包括:scRNASeqDB SCPortalen: human and mouse single-cell centricdatabase.,其中scRNASeqDB主要收录的是来自 GEO的生物医学单细胞测序数据。

 

另外就是存储在GEO数据库中的单细胞测序数据结果了,其中的存储相对比较零散,没有专库专用的特点。考虑到单细胞测序的趋势,这里总结整理一个单细胞测序数据库相关的系列,今天白介素同学介绍一个著名的公共数据库内置的单细胞测序数据库,ArrayExpress https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/,存储了大量的芯片及测序结果,大概看下长啥样。

在关于数据库最新的介绍文章发表在著名的核酸研究杂志上,这个咱们比较熟了,其中同样点明了单细胞测序的大趋势,在文章摘要中它们写道:近年来单细胞测序的数据显著增加,为了迎合这个趋势…..等等。

咱们直奔主题,再ArrayExpress数据库中另外配备了数据挖掘的在线工具进行无缝衔接,包含一些数据挖掘分析,数据下载等,最新上线了关于单细胞数据挖掘的网页工具名为 Single Cell Expression Atlashttps://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/release-notes.html.,大概看下它的内容,最近的更新包含了52study,数万个细胞的测序结果。

 

数据挖掘功能

按数据集进行挖掘,可视化,可以选择自己感兴趣的数据集,物种等,获取基本信息

我们来看一个黑色素瘤的单细测序结果:

进行可视化查看分析结果,比如tSNE的聚类结果:

 

marker基因的表达热图:

还可以看实验设计的基本信息:

关于单细胞测序的一些分析方法,作为补充信息:

还可以自己去下载这些数据进行分析,挖掘:

其实还有一些其它的简单功能,比如说按自己感兴趣的基因进行检索等等,这里就不过多介绍了。总结一下,这个工具的优势在于能够做简单数据挖掘,有专门的单细胞测序板块、方便用户使用有整理好的数据供下载分析挖掘,免费开放。

今天的内容就分享到这里了,白介素同学祝大家用得愉快!

附上神器网址:https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/search

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