单细胞测序数据分析的航母-工具包大集合

随着单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集的逐渐累积,用于分析这些数据的工具数量也在急剧增加。熟悉小张聊科研的同学都知道,此前小编大大们曾预言,2019将迎来单细胞测序数据的大爆发。

此前也推送过一些数据库(自己做不起单细胞测序,别担心有数据库可以用啊!),那接下来咱们关心的问题是数据如何分析,需要应用哪些工具软件,早已有大佬们帮咱考虑到这个问题啦,特异开发了一个数据库,专门集中这些工具,整合起来方便大家使用。接下来看下长啥样:

 

这就是网站首页,说白了就是直接一个表格收录了这些工具,做成了网页,你要想体验下控制的感觉,右上角点击下载。

 

点击第二个tools,可以看到将所有tools的相关链接全部列出,可以按自己的需求分类查看,比如小编同学按更新时间sort。

 

第3个Categories按分析工具的功能分类,比如点击下差异表达分析。

 

继续看下这些工具的增长情况,发现这些工具每隔几个月就要翻倍,还有很多是预印本的形式发表的。

 

这些分析工具的软件平台,,真好R是No.1,真好。

 

最后是工具的种类,发现可视化的工具是最多的,居然达到了将近50%。

 

如果小伙伴们觉得还有工具没有包含在内,试着通知下scTNA-tool同学,希望对大家有帮助。

 

以下附上网址:

https://www.scrna-tools.org/

 

数据库文章及其它图片参考文献:

  • Zappia L, Phipson B, Oshlack A (2018) Exploring the single-cell RNA-seq analysis landscape with the scRNA-tools database. PLoS Comput Biol 14(6): e1006245. [article]
  • https://www.nature.com/articles/s12276-018-0071-8

工具介绍

研究circRNA,这个数据库真心好用!

2019-5-16 19:47:06

工具介绍

如何零基础快速进行数据挖掘——TCGAportal数据挖掘速成

2019-5-16 19:48:26

0 条回复 A文章作者 M管理员
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