PubMed专题:(番外篇)MeSH搜索

在前三期的推送上,针对PubMed的搜索、结果筛选以及一些各位会常用且效率比较高的几个技巧,做了一个介绍,希望各位读者会有一定的收获。但是呢,原本已结束的PubMed专题,在读者的留言中,谈到想看下MeSh搜索方面的内容。为此,笔者在原有的基础上,增加了这一推送——MeSH搜索。(另外,读者若觉得关于PubMed哪一方面还想进一步了解,可在推送下方留言)

一、MeSH

 

MeSH(Medical Subject Headings,医学主题词)是用于索引PubMed引用的NLM(National Library of Medicine,美国家医学图书馆)控制词汇表词库。NLM医学主题标题控制生物医学术语的词汇,用于描述MEDLINE中每篇期刊文章的主题。主题词包含约26,000个术语,每年更新一次,以反映医学和医学术语的变化。

MeSH如何与文献扯上关系?熟练的主题分析师检查期刊文章,并为每个最适合的MeSH分配,通常为10到12个。应用MeSH词汇表可确保文章按主题统一编入索引,无论作者、研究单位是什么。

(部分对应的缩写表)

简而言之,这是为了解决医学用语中常见问题——同1个概念对应的多种描述方法,因此,PubMed给每一个概念分配了一个医学主题词,当系统检测到这个概念的其他同义词时,会对应到之前已经分配的、唯一的主题词上。同时,PubMed中每一篇文献的Abstract和Title部分都被专业分析师进行了主题词标引,即当搜索的内容中有这些主题词时,你就能找到被这些主题词标引的那些文章。

二、如何进入MeSH搜索

 

两种途径,一是Advanced搜索,二是MeSH Database

01

高级搜索

 

在高级搜索中,在All Fields可以选择MeSH领域的搜索,主要有以下两个:

MeSH Major Topic [MAJR]

 

MeSH主题词是MeSH/MeSH Subheading组合上由星号表示的文章中讨论的主要主题之一,例如,Cytokines/physiology。

MeSH Subheadings [SH]

 

MeSH子标题与MeSH主题词一起使用,以帮助更完整地描述主题的特定方面。例如,the drug therapy of asthma=asthma/drug therapy(MeSh搜索的主题/副标题)。

简单来说,MeSH Subheadings, 就是副主题词,是对主题词作进一步的限定的词。比如,主题词为“Diabetes Mellitus, Type 2”, 副主题词为“diagnosis”,即检索2型糖尿病诊断相关的文献。

 

02

MeSH Database

两种方式,一是搜索框左侧选择MeSH数据库,进而输入主题词搜索;二是点击MeSH Database,进入数据库,进而搜索。

鉴于MeSH Database的专业性

1.可以帮我们选择更为准确的MeSH

2.可以帮我们构建PubMed可以识别的专业搜索语法,因此,下文会基于MeSH Database的操作界面,结合PubMed的常规操作而展开。

三、MeSH搜索

其大体流程为,使用MeSH数据库查找MeSH,接着找副标题,然后单击PubMed搜索构建器中的“添加到搜索构建器”。你可以使用“添加到搜索构建器”继续搜索并将其他术语包含到PubMed搜索构建器中。完成后,单击“搜索PubMed”。

然后构建PubMed的搜索语法,继而完成我们的MeSH搜索。

具体的操作如下:

1

确定好相近的MeSH主题词

这主要是有以下几个情况所要求的

①学术名词很多是特有的,约定俗成

②讲中文翻译英语名词时,可以先了解论文中出现频次高的英文用词,然后使用CNKI翻译助手(http://dict.cnki.net/)等比较专业的学术翻译网站,然后通过Google、Bing等英文搜索引擎,验证其是否为真的为常用搭配。这个过程可能会有较多反复磨合,最后总结出几个备选词汇。

其次,善于把问题转换为关键词。打个比方,北京大学作者于2017年曾发表了一篇2010年和2015年北京地区医院心内科患者心血管病危险因素及临床用药流行病学调查的文章,结果发现2015年高血压(Hypertension)和Ⅱ型糖尿病(Type 2 diabetes)患病率较2010年增加,如何找这样的一篇文献?

笔者认为的搜索策略如下:

下面教程,就围绕这个搜索策略而展开。

2

进入MeSH搜索界面,并输入你想找的MeSH

进入方式如上所述。笔者先输入Hypertension,搜索框中提供了自动填充功能,点击Search。

点击Search搜索之后,得到以下界面。搜索结果以相关性排序顺序显示,因此,当用户的搜索与MeSH完全匹配时,首先显示完全符合的MeSH。依据其下方的描述,选取比较适合你想要搜索的MeSH。

 

3

找到合适的MeSH与MeSH副标题,组合,搜索

接着,单击摘要显示中的符合你要求的MeSH,或从显示格式菜单中选择完全(Full),以查看其他信息和搜索规范,例如子标题,限制到主要MeSH主题,或排除MeSH层次结构中术语下面的术语。选好之后,在右边的公式框中点击Add to search builder,则把你选好的MeSH与MeSH副标题都加到搜索框里。

提醒下:若MeSH介绍页面有年份,年份介绍是该术语被添加到MeSH的那一年。如果显示超过一年,该术语可用于回溯到指出的最早年份。在索引时使用词汇表对文章进行索引,因此,MeSH引入的年份和与该术语索引的引文的发布日期可能不一致。

进一步,同样的方法,在Hypertension/epidemiology的基础上,将Type 2 diabetes/epidemiology也添加到搜索框中(两者是AND关系),后点击Search PubMed,即可进行MeSH搜索。(如果你需要搜索组合概念,只需要在公式框中已经出现关于第一个主题词的公式后,重复第一个主题词的添加步骤,系统默认以逻辑关系“AND”连接两个主题词,这时再Search PubMed你将得到两个或多个主题词相关内容的交集。)

 

搜索,即得到以下界面。

 

 

4

结合高级搜索,进一步筛选搜索结果

那么,接下来,就需要从那么多的搜索结果筛选出我们想要的结果。

笔者的操作如下:在MeSH搜索结果的界面上,点击Advanced,进入高级搜索。

 

接着,把搜索策略中的信息添加进来,即可进一步加快我们筛选到我们想要的结果,然后点击Search,即可完成搜索。

 

关于MeSH搜索,笔者就分享到着了。

不过,下面有几个点,需要读者注意下,尤其是检索该领域最全面的文献,不要过度依赖MeSH搜索,建议MeSH搜索和高级搜索相结合,会更适合。

注意点:

1.检索内容不复杂时可以用“关键词或同义词”检索代替主题词检索;MeSH Database主题词检索通过增加主要主题词和副主题词等条件限制,帮助用户构建更加准确的检索式。

2.对于PubMed中收录较新、尚未标引(赋予主题词)的文献,用户不能通过MeSH Database检索获得。因此,若检索最新(一年内)发表的文章,建议不要使用主题词检索途径。如果用户需要强调检索的查全率,最好将主题词检索和查找最新文章的基本检索结合起来使用。

3.对于主题词没有被MeSH主题词表收录年限的文章,使用该主题词进行主题检索将漏掉收录年之前的文献。如前所述diabetes mellitus,type2在1983年之前应使用diabetes mellitus进行检索。

4.主要主题词选择框下的不扩展检索下位词选项,是指正常情况下MeSH Database检索一个主题词时会连同其下位词一起检索,以扩大检出文献量;如文献量多不需要运行扩展检索,可勾选此框。

参考资料:
1.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.Searching_by_using_t

杂谈

单细胞测序是什么

2019-5-16 19:46:53

杂谈

通过这些网站能够快速了解最新科研进展

2019-5-17 22:30:13

0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索