细胞标志物(Marker)数据库

细胞标志物(Marker)是我们用来对细胞定义和分选的重要标志,特别是随着单细胞测序技术的普及,当我们对组织内的细胞进行检测并进行TSNE聚类后,我们通常会面临一个问题:特异性表达某些基因的这类细胞有什么特性?或者我要看一下不同类型细胞的Marker的表达情况,可是这些细胞的Marker基因是什么呢?这时如果有一个列表或者数据库告诉我们哪些细胞的标志物/基因是什么,我们就可以很方便的了解了。

比如在淋巴细胞的表面标志物。因为淋巴细胞不能通过个体的形状鉴别,但细胞表面的蛋白质种类很多,方便区别,便用表面标记。表面标记包括表面受体与表面抗原。

数据库的使用:选择一种细胞类型或使用搜索栏轻松匹配特定免疫细胞的标记,并为您选择的标记找到抗体。

第一个数据库

 

https://www.bio-rad-antibodies.com/human-immune-cell-markers-selection-tool.html

 

1. 假如你是找人的Cytotoxic T cells(细胞毒性T细胞)的细胞标志物

细胞毒性T细胞特征性的表达CD8标记。它们在细胞内病原体的免疫防御和肿瘤监测中具有重要作用。它们主要识别在所有有核细胞上发现的MHC I类分子呈现的肽。

       

  1. 双击后Cytotoxic T cells,后出现以下的页面。包括以下CD1a CD3 CD5 CD7 CD8 CD10 CD34 CD38 CD45RA CD45RO CD62 CD127 CD165 CD200 Flt3 Granzyme A Granzyme B TCR alpha/beta。

     

  1. 如果你想知道细胞毒性T细胞的Granzyme B功能和相关信号通路,可以双击“Granzyme B”

       

第二个数据库

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/

该数据库通过人工整理已发表论文10万余篇,共收录细胞标志物信息、组织类型、细胞类型、肿瘤信息、来源等4124条。最后收集了158个人体组织/亚组织中467种细胞类型的13605个细胞标记物和81个小鼠组织/亚组织中389种细胞类型的9148个细胞标记物,并将其保存在CellMarker中。CellMarker为浏览、搜索和下载不同组织的不同细胞类型的标记提供了一个用户友好的界面。此外,通过生动的统计图,以图形和直观的方式呈现了每种细胞类型中总结的标记物流行率。

1. 假如你是找人的Cytotoxic T cells(细胞毒性T细胞)的细胞标志物

       

2. 选择human,blood,Cytotoxic T cells

       

3. 点击 submit之后CD11b,CD8,Leu-2a, CD3

       

如果您在工作中使用CellMarker,请引用该出版物:

CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Research. 2018.

生物学中最基本的问题之一是哪种类型的细胞以功能协调的方式形成不同的组织和器官。大规模的单细胞测序和生物学实验研究正在迅速开辟新的途径来追踪这个问题,通过揭示大量的细胞标记来区分组织中不同的细胞类型。技术员们开发了细胞标记数据库,旨在为人类和小鼠组织中的各种细胞类型提供全面而准确的细胞标记资源。

如果需要,赶紧收藏吧。

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