CGPE数据库:肿瘤转录组数据好帮手

肿瘤的研究越来越受到各位科研小伙伴们的青睐,成为发文章申请基金的热点。如何利用那些已经发表的与癌症相关的转录组数据发表自己的论文?为了帮助各位从事生物医学和临床研究的科研小伙伴,特别是对那些编程小白,今天就带福音,介绍一款肿瘤转录组的好帮手–CGPE(Cancer Gene and Pathway Explorer)。

各位小伙伴一定要记住好它的网址:https://cgpe.soic.iupui.edu/

               

下面我们就CGPE数据库3个主要交互友好的在线分析和可视化功能模块–Gene Hotlndex、OnlineGSEA和CellLine Search 的操作,逐一为大家进行简单介绍。

 

Gene Hotlndex

 

在主页面点击“Gene Hotlndex”,我们就进入Gene Hotlndex功能模块。在该功能模块的主页面正中央我们看见有一个搜索框,大家可以在此查询框里输入Gene Symbol和Ensembl ID进行查询。该功能模块可我们提供研究基因在PubMed上已发表论文的分析结果,包含研究趋势、癌症类型相关性、相关基因以及在20种肿瘤中的发表论文数统计。

               

我们点击search后,就能看到基因的相关信息,包括完整的基因名、染色体位置以及外显子数目等。同时,该数据库还涵盖了该基因每年发表的文章数目,由于该数据收集的数据有些滞后,所以统计的文章数目略有偏差,但我们也能看到发表数量的大致趋势,如下图所示:

               

 

我们在界面里还可以看到展示该基因在不同肿瘤类型中的研究情况,例如我们在这里以TP53为例,如下图所示,TP53在乳腺肿瘤中被研究的次数最多。我们把光标放在肿瘤类型的柱子上,就会显示在该肿瘤中的研究情况,右边的方框里还会显示详细数目。

               

 

在这个搜索结果的界面里,还为我们提供与搜索基因相关的热度关联词以及常与该基因相研究的相关基因,为各位研究小伙伴提供了另类的研究视角,如下图所示:

               

 

OnlineGSEA

 

和前面的功能模块一样,在主页面点击“OnlineGSEA”,我们就进入OnlineGSEA功能模块界面。当各位童鞋点击绿色按钮“Start Onlin-GSEA” 就开始我们GSEA的分析之旅啦。本功能模块通过简单且易于操作的界面实现了对GSEA的分析以及结果的可视化。

               

 

点击进去GSEA分析后,我们可以看到两个方框:Use Public Datasets表示用经过预处理好的公共数据集;Upload Your Own Data表示上传自己的数据做GSEA分析(呱唧呱唧,此处该鼓掌,这个人性化的设置对于还不会分析的童鞋来说,简直不要太香啊)。

               

 

当我们点击Use Public Datasets后,进入该界面后,大家可以在右边选择相关数据集,在左边栏里可以看到该数据集的简介。

               

 

CellLine Search

 

和前面的功能模块一样,在主页面点击“CellLine Search”,我们就进入CellLine Search功能模块界面。当各位童鞋点击绿色按钮“Run CellLine Search” 我们可以开始搜索。本功能模块可以提供11种肿瘤细胞系的选择指导。该功能模块结合了细胞系依赖性、基因表达以及通路活性热图,可为在进行相关实验之前提供一定的参考和帮助。这个部分还是很实用的,为实验小白提供了很大的便利。

               

CGPE提供的癌种细胞系的检索如下图所示:

               

 

当选择好肿瘤类型后,再输入基因名,选择通路数据库,即用于后面通路活性热图的生产展示。最后,当我们点击“Show Cell Line Information”就可以得到搜索结果。这里我们以BRCA和TP53为例,按照如下图所示操作:

               

 

我们得到查询结果如下所示:

 

①基因基本信息

               

 

②基因的dependency score和表达量:Dependency score越高表示细胞系特异性越高。当我们点击在具体柱子上是,同一个细胞系的结果会自动显示红色。

               

 

③基因在不同细胞系中的研究情况,我们点击相关横柱就能得到基因在细胞系中详细信息,例如我们点击SKBR3,我们得到如下图所示:

               

 

④通路活性热图:该图基于GSVA计算出来的不同细胞系不同通路的活性,当我们滚动鼠标可以查看更多通路的活性结果,如图所示展现的通路,是前面选择通路的结果。

               

 

综上所述,就是对CGPE数据库功能的简单介绍,其实这个数据库整体操作起来并不难,并且还提供相当丰富的信息也,GSEA也是一个很常见的分析,相信CGPE能够为尤其是那些还不会使用GSEA软件的同学提供帮助。同时,还为各位童鞋提供选择基因和细胞系的信息,方便大家做研究。大家小伙伴们还可以进一步探索出该数据库更多的功能,相信有这样一款肿瘤转录组研究神器在手,让各位小伙伴的研究更上一层楼。

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