cncRNAdb数据库:cncRNA研究必备

在我们学过的著名的“中心法则”中通常将信使RNA,即mRNA作为蛋白质合成中携带信息的中间产物。近些年来,越来越多不编码蛋白的RNA,即ncRNA被发现,例如microRNAs、lncRNA以及CircRNA等,它们功能范围包括从表观遗传调控到转录调控和信号转导。因此,目前RNA的分类主要根据其蛋白编码能力分为mRNA和非编码RNA(ncRNA)。然而,近期的大量研究表明,许多先前注释的非编码RNA(ncRNA)其实是具有蛋白质编码功能,而大量mRNA被证明具有非编码功能,且该功能与其编码的蛋白质无关。有鉴于此,将这一类同时具有蛋白编码和非编码功能的RNA可能是一类现阶段更具探索价值的RNA群体,被称为“双功能RNA”或“cncRNA(coding and non-coding RNA)”。

在某种意义上,可以说cncRNA的发现模糊了“编码”和“非编码”RNA之间的界限,促使研究者开始重新考虑其在功能和进化中的特殊角色及其潜在分子机制。近年来,越来越多的cncRNAs被鉴定出来,包括可翻译的(translated)ncRNAs和可不被翻译的(untranslated )mRNAs,也有一些研究开始结合不同的高通量实验技术,如质谱、核糖体图谱和基于CRISPR的筛选来识别cncRNAs。这些为科研小伙们提供了新的研究方向和契机。因此,如何从大量、分散的数据资源中快速、准确地获取已被证实的双功能RNA及其相关信息,成为研究人员开展双功能RNA相关结构、功能、上下游作用机制以及开发新的预测方法等研究的先决条件。今天就来为各位童鞋们介绍一个非常好用并已有实验证据支持的cncRNA数据资源平台,它记录了约有2600条人工整理的cncRNA功能条目,都提供了实验证据,涉及到20多个物种的2000多个RNA,包括1300多个可翻译的ncRNA和600多个mRNA。

 

请各位童鞋牢牢记住它的名字,收藏好它的管址!

 

cncRNAdb–http://www.rna-society.org/cncrnadb/

根据官网链接,我们进入主页面,大家看到界面还很简洁清晰,在网站首页我们可以看到本数据库的简介以及在主界面的顶部设置着该数据库重要的子模块,如下图所示:

 

在数据库首页我们可以看到本数据库主要涉及的子功能模块,我们就Search、Browse、Submit以及Download,这四个常用的功能模块为各位做简单的介绍:

 

1. 查询模块(Search)

 

我们点击进入Search模块后,可以看到该数据库为使用者提供3种可选择方式对cncRNA进行查询,包括关键词查询、基因座查询和序列查询,如下所示:

 

⑴大家可以在选择好“RNA Type”和“Organism”后,在下拉栏里选择“Gene Name”或者“Disease Name”,然后在输入栏里输入基因名或者疾病名,点击搜索就可以显示结果;

⑵大家也可以通过定位染色体位置信息来搜索cncRNA;

⑶大家还可以通过输入蛋白质或者核酸序列信息进行搜索。

 

这里我们以数据库中默认的VEGFA为例进行搜索演示,得到如下搜索结果界面,点击右上角的Download可以进行结果信息下载,也可以通过点击Detail栏里的more来查看具体信息。

 

Detail里包含的数据信息如下:

①基本信息,包括:基因名、不同类型的ID、染色体定位信息以及物种;

②实验证据信息,包括:实验类型、实验方法、细胞类型和实验证据描述;

③同源信息,即在其他物种里的同源结果;

④文献来源信息和亚细胞定位信息;

⑤相关疾病,介绍与之相关的疾病,和OMIM数据库的链接。

 

2. 浏览模块(Browse)

 

我们点击进入Browse模块后,大家可以看见此数据库为各位童鞋提供三个角度对cncRNA进行分层浏览,即RNA类型(RNA type)、物种(Organism)和证据类型(Method)。其中“证据类型(Method)”是根据已报道的cncRNA相关文献或者数据库中使用的实验方法进行分类,包括3种类型:

(1)Both by High & Low-throughput method:同时使用高通量方法(例如Selected reaction monitoring,SRM)和低通量方法(例如In vitro translation assay)进行实验验证的数据;

(2)Only by Low-throughput method:仅使用低通量方法进行实验验证的数据;

(3)Only by High-throughput method:仅使用高通量方法进行实验验证的数据。

各位小伙伴可以根据自己的兴趣和需要,进行查找,点击白色的图标就可以进去查看相关结果。

点击后,我们得到的如下界面所示的结果,包括有RNA类型、肽段长度、组织或细胞类型以及物种信息,大家可以通过点击“more”来查看信息。

3. 提交模块(Submit)

 

我们点击进入Submit模块后,大家可以看见在这个模块界面里,我们可以提交自己研究里所发现的cncRNA数据信息。

4. 下载模块(Download)

 

我们点击进入Download模块后,童鞋们可以看见在这个模块界面里,大家可以把需要的相关数据都下载下来,自己慢慢地进行淘金,找到发paper的思路。大家也可以通过前面的查询和浏览模块获得cncRNA详细信息,直接下载相关结果信息。

综上所述,就是对cncRNAdb数据库功能的简单介绍,cncRNAdb数据库为各位科研小伙伴提供了一个快捷友好查询和浏览这些cncRNAs的详细信息的方式,也给大家节省时间和精力。同时,还帮助大家整合、分析和预测cncRNA,进而更好地为RNA的结构和功能进行研究的童鞋们开辟了一条捷径,期待小伙伴们手握这样一把cncRNA研究利器,挖掘出更多的相关研究的新热点,助力童鞋们的研究百尺竿头更进一步。

工具介绍

Ferrb数据库:助力细胞铁死亡生信文章

2021-10-10 1:42:38

工具介绍

OncoSplicing:基于两种不同算法的可变剪切数据库

2021-10-19 18:39:04

声明 本网站部分文章源于互联网,出于传递更多信息和学习之目的转载,并不保证内容正确或赞同其观点。
如转载稿涉及失效、版权等问题,请立即联系管理员;我们会予以修改、删除相关文章,请留言反馈
Notice: When your legal rights are being violated, please send an email to: sci666net@qq.com.
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索