Ferrb数据库:助力细胞铁死亡生信文章

铁死亡(Ferroptosis)是一种铁依赖性的调节性细胞死亡的新模式,是区别于细胞凋亡、细胞坏死、细胞自噬的新型的细胞程序性死亡方式。细胞因内部脂质活性氧物质的有毒积累而死亡。它与多种人类疾病(例如癌症和退化性疾病)紧密相关。铁死亡的过程很复杂,由多种代谢物和生物分子组成,也有一些特征基因发生变化。铁死亡的主要机制是在二价铁或酯氧合酶的作用下,催化细胞膜上高表达的不饱和脂肪酸,发生脂质过氧化,从而诱导细胞死亡。此外,还表现在抗氧化体系(谷胱甘肽系统)的调控核心酶GPX4的降低。。尽管目前对铁死亡的研究已经有了一定的进展,但铁死亡的发病机理仍然需要进一步探索研究。现如今铁死亡已成为除m6A、自噬、代谢、免疫等明星研究的又一大热点,因此找到有效分析和利用铁死亡数据的方法至关重要。

 

今天,就为各位铁死亡研究的小伙伴带来一款新的利器。从PubMed数据库收集了784篇关于铁死亡研究的文章。并从这些文章中提取并修饰铁死亡相关的标志物和调控因子以及铁死亡关联疾病。最后,整合梳理了253个调控因子(包括108个驱动因子,69个抑制因子,35个诱导因子和41个抑制剂),111个标记以及95个铁死亡相关疾病。同时,为了数据库操作简便,实用性强,该在线官网内部数据会每半年更新一次,保证数据库数据的前沿性。真正帮助正在研究铁死亡基因的科研人员提供新的见解,并且可以为苦恼于寻找热点设计课题的广大童鞋们提供新的思路。

下面请它闪亮登场,请牢牢记住它的名字,收藏好它的住址!

FerrDb– http://www.zhounan.org/ferrdb

根据官网链接,我们进入主页面,大家看到界面还很简洁清晰,在网站首页我们可以看到数据库的主要功能简介以及铁死亡基因及其功能分类的导向链接,如下图所示:

在数据库首页我们可以看到本数据库主要涉及的内容有六个研究模块,包括Drivers,Suppressors,Markers,Inducers,InhibitersDiseases

(1) Drivers模块是研究驱动铁死亡的基因;

(2)Suppressors模块是研究抑制铁死亡的基因;

(3)Markers模块是研究标记铁死亡发生的基因;

(4)Inducers模块是研究可能诱发铁死亡的小分子;

(5)Inhibiters模块是研究可能抑制铁死亡的小分子;

(6)Diseases模块是研究与铁死亡相关的疾病和铁死亡在其中的作用。

 

1.铁死亡基因检索

 

在主界面检索框中,输入我们想探讨研究与铁死亡相关的基因,我们以GPX4为例。输入GPX4,点击Search

在结果界面我们可以看到相关GPX4的信息:可以看出在Driver,Inducer, InhibitorDisease分类中无结果,在SuppressorMarker分类中检索到了结果,显示出GPX4是铁死亡的抑制基因和标志物。同时,也展现出该基因的ID、验证方法、实验对象和作用途径等等。

点击PathwayView,就可显示出该基因的作用途径。

点击UniProtKB的蓝色链接,就可以直接进入UniPort网站查看到该基因的其他更多详细信息。

点击PMID的蓝色链接,就可以链接到pubmed中的这篇文献。

2.六大研究模块使用

 

在主界面的正在中央设置的本数据库的六大研究模块,是对数据库简介里面提到的基因或小分子或疾病的链接,我们点击相关图标,就可以进入相关的页面。这里我们以Driver分析模块为例进行展示:

点击Driver图标。

进入结果页面,在这里,向我们们展示了铁死亡驱动基因及其基因名、证据、实验验证方法及实验对象验证的等等详细信息,各位童鞋可以自行在页面操作查询。

其他五大研究模块操作类型,对这些分析模块感兴趣的童鞋可以根据自己的研究需要进行探索。

 

3. 数据库主菜单使用

 

在主界面的右上角设置的本数据库的主菜单,我们带着大家一起来看看这些主菜单,数据库的六大研究模块也可以在这个找到。另外,主菜单可以进行数据下载和基因互作网络展示等。

Brower

Brower子单中,我们发现前面六项与主页面六大研究模块的链接内容是一样的,多了一项Multirole regulator

点击Multirole regulator,得到如下结果页面,展示了在铁死亡中具有多种调节作用的基因。

点击基因名蓝色链接,出现的结果与在主页面搜索框中输入这个基因search到的结果是一样的,各位童鞋也可以在这个结果页面中搜索自己感兴趣的基因。

②Download

我们点击Download得到如下结果页面,我们可以看到在铁死亡相关文献中发现了259个基因,这些基因的注释揭示了108个驱动基因,69个抑制基因以及111个基因标志物。这三种基因之和是288个基因,与259个不符,是因为有多个基因属于多个注释集,如右侧韦恩图所展示的情况。同时,结果也展示了调控铁死亡的小分子数量,及其中被标记为诱导剂和抑制剂的数量,铁死亡关联的疾病种类的数量等。

Annotation data中,提供了不同的文件下载格式(XLSX、CSVJSON):

③Utilities

Utilities子单中,我们可以看到有两项功能:

点击Regulation network:我们可以选择DriverSuppressor展示网络,整合各个途径来生成的调控网络,并可以点击特定节点查看子网络。

我们点击Driver中的MYB,可以生成MYB的调控子网络。

Gene Symbol Valitation根据官方HGNC符号来验证FerrDb中的基因符号,我们点击Gene Symbol Valitation,得到如下结果页面:

④Help

Help中有数据库使用指南和各种功能使用的链接,我们点击Help,得到如下页面:

 

综上所述,就是对FerrDb数据库功能的简单介绍,其实这个数据库整体操作起来并不难,并且还提供相当丰富的信息也,小伙伴们还可以进一步探索出该数据库更多的功能,相信有这样一款铁死亡研究的神器在手,大家定能挖掘出更多的铁死亡研究的新热点,让各位小伙伴的研究更上一层楼。

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