蛋白相互作用数据库和分析方法

蛋白质互作网络是由不同蛋白通过彼此之间的相互作用构成,参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。在进行基因机制研究中,寻找互作蛋白是一个深入探究基因功能的过程,寻找未知蛋白充满艰辛,而通过数据库预测互作蛋白能够为我们的研究扩展思路,提供方向,让我们在科研道路上更加轻松。今天为大家介绍几个用来预测相互作用蛋白的网站。

           

下面给大家逐个介绍一下数据库的使用

1.STRING数据库(https://string-db.org)

      

老牌的蛋白相互作用数据库,现在已经更新到10.5的版本,所以数据的更新速度还是值得保证的。下面介绍一下最基本的用法吧。

打开数据库后,我们可以在左边看到选项栏。

           

大家根据自己的需要选择即可。这次我们就用单个基因进行演示吧。选择“protein by name”。用法很简单就是输入自己想要检索的基因名和物种即可。

           

结果部分大家也肯定在现在好多文章里面见过的

           

我们可以通过“settings”来界定纳入我阈值,可以通过”analysis”查看相互作用基因的富集结果。“通过export导出结果”。如果觉得相互作用的基因还是太少,也可以通过“more”来增加基因。

2. InBio Map(https://www.intomics.com/inbio/map/#home) 号称是最全面的蛋白相互作用数据库

           

用法也是很简单数据基因名即可。如果要指定物种只需要在后面加入”_human”即可。例如”INS_HUMAN”即为检索人INS基因。我们这次输入“INS_HUMAN”。结果也是以网络图的形式呈现的。

           

在网络图的右边会有一个状态栏来,让我们进行自定义结果

由这个状态栏我们可以看到在网络图中相互作用的蛋白的类型。同时也可以下载数据和设定新的cut off值。

 

3. IID(http://iid.ophid.utoronto.ca/SearchPPIs/protein/)。

           

之前的数据库只能精确到物种里面的蛋白相互作用。而IID呢。则是可以器官特异性的蛋白相互作用数据库。用法呢也是非常的简单的。打开网址后,同样是有两种方式,一种是检索一个蛋白的相互作用,一种是检索多个蛋白之间的相互作用关系。

           

我们这里只介绍一下单个蛋白的检索,首先是输入基因名,同时选择预测到相互作用的方式

           

接着呢,选择物种和器官

           

点击“view results”,结果嘛也是很简单的,我可以看到哪些基因具有相互作用以及基因之间相互作用是实验还是预测的。

           

4. BioGRID(https://thebiogrid.org/),一个蛋白质,化学和遗传相互作用数据库。这个数据库不仅可以预测蛋白之间的相互作用关系还是可以预测影响蛋白的药物是什么,对于研究药物对于基因的影响的还是很有帮助的。

           

我们需要做的就是在检索框中检索我们想要的基因即可。这里我们检索TP53

           

检索之后我们的到如下结果,

           

通过结果我们可以查看相互作用的蛋白,网络、化学物质和PTM位点。下图就是和TP53有关的化学药物。我们点击details还可以看到这个预测具体结果。

           

检索结果中还提供了PTM位点的结果,有兴趣的也可以去看看。好了,这次的几个数据库就讲到这里。大家有需要的记得拿去用。

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