SwissTargetPrediction:小分子药物预测作用靶点的在线平台

不少研究中药或者小分子药物的同学,想从研究的分子出发预测靶蛋白和相关的功能。今天介绍一个中药/化合物-蛋白质相互作用数据库。

SwissTargetPrediction基于与已知化合物的二维和三维结构的相似性来预测化合物的靶标。预测可以在人、大鼠、小鼠三种不同物种中进行。已知的化合物-靶标相互作用来自第16版的ChEMBL数据库,它由280381个小分子与2686个靶标间的相互作用构成,其中大多数靶标(66%)是人的蛋白。SwissTargetPrediction为每个预测靶标提供一个分数,以评估预测正确的可能性。它还通过不同物种之间的同源性映射进行预测,并提供正确可能性得分。

这个网站的使用非常简单,只需要知道SMILES或者网站上画结构图。

 

SMILES,又叫简化分子线性输入系统,常见化合物在PubChem上可以直接获取到其SMILES式。PubChem 检索可得到的结果包含了分子式、SMILES、2D和3D结构、InChI和InChIKey、相对分子质量、脂水分配系数、氢键受体和供体数目、可旋转键数目、互变异构体数目等基本的结构信息和物化性质,除此以外,还有该化合物作为药物的剂型和商品信息、药理性质、毒性、生物活性检测等信息。上面有关于药物的很多信息。

例如Coniine的SMILES为CCC[C@H]1CCCCN1,只需要将它输入网站上即可。

或者自己在方框里面换个结构式。(题外话,还是检索SMILES比较便捷)

接着只要点击predict targets就好了。然后就结束了,是不是超级简单。赶紧动手试试吧。

工具介绍

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PharmMapper:小分子药物预测作用靶点的在线平台

2021-10-9 18:22:27

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