PharmMapper:小分子药物预测作用靶点的在线平台

先来看一篇网络药理学的已发表论文,A network pharmacology approach to uncover the multiple mechanisms of hedyotis diffusa Willd. on colorectal cancer (网络药理学方法揭示白花蛇舌草在结肠直肠癌的多种作用机制),这篇文章主要内容为:获取中药化学成分与成分作用靶点→疾病作用靶点→构建中药与疾病网络→GO和KEGG富集分析→解析中药作用机制。

其中,获取成分作用靶点用到的数据库是PharmMapper数据库,今天我们来介绍下这个网站怎么用,学会说不定能给自己的标书加一个表格。

 

 

网站原理(通过药效团模型找靶点)

药物分子与受体靶点发生作用时,要与靶点产生几何匹配和能量匹配的活性构象。药物化学家发现,药物分子中的基团对于活性的影响不同,有些基团的变化对药物与靶点之间的相互作用影响很大,有些则影响不大。对于这种差异的研究,人们发现具有相同活性的分子往往具有相同的某些特征。因此,有人提出了药效团的概念,来明确那些对活性有重要贡献的特征。药效团就是指药物活性分子中对活性起着重要作用的药效特征元素及其空间排列方式。这些药效特征元素是配体和受体相互作用的活性部位,他们可以是具体的原子或者原子团。

 

使用方法,非常简单。

 

首先需要知道药物的mol2文件或者sdf文件,mol2文件可以在TCMSP数据库下载,而sdf文件可以在pubchem数据库下载。例如药物“rhynchophylline”,打开TCMSP数据库的网站,输入检索名,检索结果中的图片,点击图片即可下载mol2文件。

 

再或者打开pubchem数据库的网站,检索框中输入药名,检索结果的2D structure中点击download,点击SDF Save按钮即可下载到sdf文件。

 

 

回到PharmMapper数据库,点击submit job,

 

 

选择Human Protein Targets Only ,默认的最大的靶点数300,自己可以进行调整。在Advance Option中,一般默认就好。

 

 

最后点击submit。当提示你“Submit Success”时就代表你提交成功,同时会返回一个你的工作的ID。然后等结果就好了,但由于整个服务器被所有访问者使用,所以速度会很慢,也说明这个数据库后台服务器有待进一步提高。结果吧,有时要1两天才会发回来,非常慢哎。

工具介绍

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工具介绍

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