m6A2target:为m6A相关研究提供候选基因和研究思路

提起m6A甲基化,也许有许多小伙伴有些陌生。但是对m6A的研究却一直是一个热点,它也是十足的科研明星,在科研项目的申请中更是少不了它的身影。m6A是真核生物mRNA最常见的一种转录修饰,占到RNA甲基化修饰的80%。在mRNA剪接、编辑、稳定性、降解、多腺苷酸化等方面发挥重要的作用。m6A甲基化酶广泛参与哺乳动物的发育、免疫、肿瘤生成和转移,干细胞更新以及脂肪分化等生命过程。足见,m6A甲基化研究十分火热。今天,就为各位战友带来这样一款助力你m6A甲基化研究的在线神器——m6A2target。它是迄今为止第一个最为全面的三类m6A甲基化酶,即writers、erasers和reader对应靶基因的数据库。同时,它对目前人类和小鼠中已发表的m6A甲基化靶基因数据进行收集整理以及对潜在靶基因进行分析预测,从而为m6A相关研究提供候选基因和研究思路。

m6A甲基化研究的小伙伴一定要牢牢记住它的网址了:

http://m6a2target.canceromics.org

一、主页面

根据上面提供的官网链接,我们搜索进入m6A2target数据库的主页面。在数据库的主页面,我们看到整个界面安排着还是很清晰明了的,如下图所示:

在主页面的最顶端排列着本数据最常用的五个功能子模块;页面正中央是对m6A2target数据库的简单介绍;紧接其下的是快速检索功能模块,它可以检索需要探究的基因;主界面最右侧是数据库最核心的实验验证的靶基因(Validated Targets)以及通过高通量测序数据分析获得了大量的潜在靶基因(Potential Targets)的介绍。整个数据库主界面安排的十分清晰有序,让广大使用的小伙伴可以快速的操作起来。

 

1. 功能子菜单

根据m6A2target数据库主页面设置的五大子菜单栏模块,我们就能看出本数据库对m6A甲基化的内容还是相当丰富的。下面,就和大家一起简单了解一下本数据库几个常用的功能模块。

 

.Validated Targets

 

该模块储存了实验验证部分的m6A WER靶基因,包括免疫共沉淀、RNA pulldown、荧光素酶报告基因系统、敲低或过表达并得到qPCR的验证等,小伙伴们可以通过此模块查询是否存在已经实验验证的m6A靶基因。点击顶部Validated Targets子功能模块,通过筛选物种,细胞系,WER类型或者选定不同的m6A WER则可以展示对应的m6A Tartgets,下方结果表格包含了物种、细胞系、WER类型、WER名称、对应的靶基因名以及文章PMID,同时还可以在表格右上方通过基因名筛选与此基因相关的结果。如下图所示:

 

 

点击对应表格中对应行的Detail按钮,则可以进入如下图所示的的详细页面,这里我们以第一行为例。得到包含HNRNPC 这个m6A及其靶基因ACTB的具体信息,如Ensembl ID,HGNC ID,Entrz ID以及基因类型与基因的描述。同时还提供了各个类型基因ID对应数据库的跳转链接。同时下方还有HNRNPC与靶基因ACTB之间具体的相互作用信息,如对应文章的PMID,具体的细胞系,预测的靶基因位点,实验方法,测序方法以及对功能的影响。

 

2.Potential Targets

该模块储存了通过高通量测序数据分析预测的靶基因,包括BindingPerturbation两部分。用于查询是否存在潜在靶基因

 

1)Binding

m6A WER有相互作用的测序数据分析整理形成,其中包括RIP-seqCLIP-seq数据研究的蛋白与RNA的互作、ChIP-seq研究的蛋白与DNA互作以及通过Co-IP的方式打质谱鉴定蛋白与蛋白互作。

 

2)Perturbation

该类则主要是收集了Ribo-seq, RNA-seq, Merip-seq等数据中由于WER绕动,如敲除、敲降、过表达和突变等导致下游m6A水平、基因表达水平、可变剪接或者翻译效率发生改变的WER,作为潜在靶基因。

 

 

其中Binding是直接证据,Perturbation则是间接证据。结果表格除了m6A WER以及靶基因,还有对应的测序方法相互作用类型或者对下游的影响类型。

 

Binding的详情页面中,则可以具体查看不同的相互作用(Protein-DNA,Protein-RNAProtein-Protein) Target位点的具体信息,如细胞系,GEO accession number,Target位点,高通量测序方法,相互作用类型等。如下图所示:

 

Perturbation的详情页面中,则可以分别查看导致下游基因表达水平、m6A甲基化水平、可变剪接和翻译效率中的靶基因具体改变情况,如具体的细胞系和样本、差异表达、差异甲基化或者差异翻译效率的具体差异结果等。如下图所示:

 

3.搜索模块

 

该模块可以选择物种和细胞系,输入基因,就可以查询这个基因是否存在已经验证的靶基因或者潜在的靶基因。这里我们以MYC为例,在输入框中直接输入,则可以获得与人类物种中所有实验验证和通过数据分析预测的把MYC作为靶基因的结果,方便快捷且实用。如下图所示:

 

4.Genome Browser

在模块中,输入基因即可展示靶基因的各个测序数据在基因组中的位置情况。这里我们以基因SOX2为例,如下图所示,输入不但展示了实验验证结果在基因组中的位置情况,还展示了在RIP-seqCLIP-seq等实验结果中SOX2WERSOX2相互作用的区域。同时还提供了SOX2基因上的SNP位点。

 

 

1. 数据下载模块

 

最后数据库还按照物种以及分类提供了所有数据下载,方便用户进一步的分析与挖掘。

 

综上所述,就是对m6A2target数据库功能的简单介绍,其实这个数据库整体操作起来并不难,并且还提供相当丰富的信息也,小伙伴们还可以进一步探索出该数据库更多的功能,相信有这样一款研究m6A甲基化的神器在手,大家定能挖掘出更多的m6A研究的新热点,让各位小伙伴的研究更上一层楼。

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