ImmLnc:癌症lncRNA研究在线研究网站

lncRNA逐渐成为基因表达的关键调节剂,并在免疫调节中发挥着关键作用。然而,对于识别影响免疫途径活性的lncRNA的高通量方法仍然具有局限性。今天就为大家介绍这样一个用于研究各种癌症类型的lncRNA的免疫相关功能的在线数据库

该在线数据库将是作为在了解lncRNA功能的基础上进一步推荐免疫治疗靶标鉴定的重要宝库,请大家记住它的名字–ImmLnc (http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/ImmLnc)。

一、主页面

 

根据官网链接进入主页面,我们看到ImmLnc数据库主界面还很清晰明了的,如下图所示:

 

在主页正中的顶层,我们可以看见功能模块主体分为五个部分:Home、Lnc-Pathways、Lnc-Cells、Lnc-Cancer以及Download。网站主页清晰明了,让大家进入首页就能找到功能模块,该数据库还是用心的为小伙伴设计的。

 

  1. Home

在首页我们可以通过Quick search输入感兴趣的lncRNA(符号或基因ID),然后点击submit。即可查询与特定癌症类型免疫途径相关的lncRNA。

 

我们在这里以LINC00525为例,通过以上步骤。我们可以得到一个数据表格,结果显示了癌症中与lncRNA相关联的途径,以及P Value、P Adjust、ES、Score等数值和基因数量。

 

 

  1. Lnc-Pathways

点击“LncRNA-Pathways across cancer types”或直接点击Lnc-Pathways选项,我们即可到跨癌症类型的LncRNA途径的页面。这里展现了ImmLnc数据库中,系统地鉴定了在免疫相关途径中起重要作用的lncRNA。在这功能模块中,我们可以查询特定癌症类型中的lncRNA途径对,输入感兴趣的lncRNA 或通路,输出结果提供重要的lncRNA通路对以及ImmLnc通路中使用的一系列参数,包括p值,FDR,富集分数(ES)等。

 

 

我们仍然以LINC00525为例,在癌症一栏我们可以根据提供的选项选择一个癌症或多个癌症,我们以胸腺肿瘤为例,免疫途径我们根据提供的选择项选择TNF Family members,点击submit,步骤如下图所示:

 

 

在这里我们就能得到在这种癌症下该lncRNA在TNF Family members中得到的相关数值,如下图所示。当然,我们可以选择多个癌症数据或所有癌症数据进行数值比对得出结果。

 

 

  1. Lnc-Cells

点击“LncRNA-immune cell types correlation across cancers ”或直点击Lnc-Cells选项,在这一功能模块中,我们可以查询跨癌症的lncRNA-免疫细胞浸润的相关性。在这里,主要有六个免疫细胞(B细胞,CD4T细胞,CD8T细胞,巨噬细胞,嗜中性粒细胞和树突细胞)。我们可以输入感兴趣的lncRNA并选择癌细胞和免疫细胞,输出会提供特定癌症类型中的lncRNA-免疫细胞相关性。

 

我们以数据库默认的LINC00525为例,我们选择所有癌症类型和免疫细胞,点击submit,步骤如下图:

 

 

结果以数据表格显示,展现了lncRNA的表达与癌症中免疫细胞浸润水平之间的相关性等信息。我们也可以在Lnc-Cells页面点击右侧图片不同部位,选择六个免疫细胞(B细胞,CD4T细胞,CD8T细胞,巨噬细胞,嗜中性粒细胞和树突细胞)中的具体一个进行分析。

 

  1. Lnc-Cancer

lncRNA在癌症中表达会表现出普遍的干扰。为了研究lncRNA的功能,这个功能模块提供了每种癌症类型中差异表达的lncRNA。我们可以输入研究感兴趣的lncRNA,输出结果将表明该lncRNA是否在癌症中受到干扰。我们还可以通过不同的计算方法来查询这些lncRNA,包括T检验和Fisher精确检验,步骤如下:

 

我们以LINC00525为例,输出结果表格显示了癌症中差异表达的lncRNA及相关数值。

 

 

  1. Download

在该功能模块,可以下载网站涉及到的相关数据,并且可以获取R包,各位小伙伴可以利用R包分析一下自己的数据。

 

 

综上所述,ImmLnc数据库是一个可以做泛癌的免疫相关lncRNA网站。本数据库具有可以查询癌症中与免疫途径相关的lncRNA、各种癌症类型中与免疫细胞浸润相关的lncRNA以及与癌症相关的lncRNA的功能。许多研究者利用生物信息分析发了很多SCI,其中关于免疫相关的内容都很容易接收,并且更有可能发到高分杂志上。现在,有这个一个网站可以助我们一臂之力,相信发一篇泛癌免疫lncRNA的文章也不再困难。

工具介绍

不会R生信绘图在线工具

2021-10-10 1:34:17

工具介绍

CGPE数据库:肿瘤转录组数据好帮手

2021-10-10 1:42:03

声明 本网站部分文章源于互联网,出于传递更多信息和学习之目的转载,并不保证内容正确或赞同其观点。
如转载稿涉及失效、版权等问题,请立即联系管理员;我们会予以修改、删除相关文章,请留言反馈
Notice: When your legal rights are being violated, please send an email to: sci666net@qq.com.
0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索