不会R生信绘图在线工具

生信分析文章现在越来越来引起科研小伙伴的关注,已成为小伙伴们发表文章的重要选择。打开一篇高分生信文章,里面炫目多彩、形式多样的展示结果绘图,让大家看得赏心悦目,赞叹不已。回头看看自己文章,亲自去绘制精美的结果图时,便不知如何下手,深深感受到高分生信文章优秀的道理。

 

谈起生信绘图,大家脑海里第一浮现的就是R语言。R语言的入门和学习就让许多科研小白叫苦不已,是很多生信小伙伴的拦路虎。不过,现在各位小伙伴不用再为R语言苦恼了,给科研小白送福音了,不会R,不用担心。

 

今天,一款简单、实用、免费的在线生信结果绘图网站,将会给你带来科研光明,不再受作图的苦,感觉人生到达了一个高峰。

 

网站主界面(浏览器检索“微生信”):首先,为大家带来这款在线绘图网站登录主界面。

 

                       

图1 登录后主界面

该在线网站主界面主要分5大部分:最上部是关键词搜索区和个人信息区,左侧为各类绘图工具,右侧是例图展示区,既有包括韦恩图、热图、circos图、火山图、GO富集弦图,另外还有箱体图、柱状图、面积图、散点图、漏斗图等,类群很丰富,基本上囊括了我们发表文章的常见图形。同时界面,英文和中文相结合,清晰明了,节约大量理解时间。对小伙伴来说,相当友好的界面。

                       

图2 主界面5大板块

 

实战图形绘制:接下来,我们从实战的角度,为各位小伙伴解读该网站里生信文章中常见的图形绘制。为各位小伙伴更加深入了解这款在线绘图神器。

 

1. 火山图

 

计算差异表达mRNA,并以火山图的形式展示,是生信文章中非常常见的一种图。在主界面搜索区输入“火山图”,点击查找,进入如下界面:

                       

图3 火山图绘制界面

 

进入界面,我们发现秉承的友好的主基调,整个界面还是很简单明了的,界面右侧十分详细,列出了绘图数据说明以及应用实例,最重要的是,该在线网站还很细心的列出常见问题,可谓是对各位科研小白关怀备至,全篇中文的叙述,小白再不用担心看不懂的问题。

 

按右侧要求整理log2fc、p-value两列数据,复制数据,粘贴到输入框,参数均默认(具体的参数可以根据具体情况通过阅读页面内容或修改参数调试)。然后点击提交,即可绘制出火山图,如图所示。其中红色表示上调,绿色表示下调,灰色表示不满足阈值(不变)。

                       

图4 火山图

 

2. 热图(聚类图)

 

热图(聚类图)为基因表达芯片,测序类文章中几乎必有的一种图,是用来展示差异表达基因的主要形式。在主界面搜索区输入“热图”,点击查找,进入如下界面:

           

图5 热图绘制界面

 

进入界面,界面右侧十分详细得介绍了绘图数据说明、应用实例及常见问题。我们以实例数据为例,将差异表达mRNA的表达矩阵粘贴到输入框,其他参数均默认,然后点击“提交”按钮,即可绘制出差异表达mRNA聚类图。这个热图效果还不错啊。

 

           

图6 差异表达基因聚类图

 

3. GO弦图

 

GO富集弦图是富集分析结果的一种很炫的展示图形,在生信paper中看起来很高大上。在主界面搜索区输入“GO弦图”,点击查找,进入如下界面:

                       

图7 GO弦图绘制界面

 

进入界面,和前面的一样,界面右侧十分详细得介绍了绘图数据说明、应用实例及常见问题。我们以实例为例,将数据粘贴到输入框,参数均默认(具体的参数可以根据具体情况通过阅读页面内容或修改参数调试)。然后点击“提交”按钮,即可绘制出GO弦图,输出的图片还是很绚丽夺目的。

 

图8 GO弦图

这个在线绘图网站功能还是很强大的,我们只是介绍几个生信绘图的形式,该网站还有一些生物学常用的界面,大家有兴趣可以去了解下,该网站是个对生信小白绘图非常有用的网站,界面中文说明详实,对英文不好的小伙伴带来十足的福音。不用因为害怕R语言,而做不出高大上的生信图片了,记好它的网址,收藏好在自己的电脑里——http://www.bioinformatics.com

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