没钱没时间照样发文章,纯生信分析套路了解一下

摘要:本文是一篇关于microRNA-144-3p与非小细胞肺癌发生发展关系的文献解析。

搞科研是一件耗时耗财的事情,因此对我这种手术忙如狗,取暖全靠抖的没时间没金钱的医学生来说,想要发篇文章难于登天。但是万事不绝对,今天笔者就给大家分享一篇不花钱耗时少就能完成的3+生信文章。

这篇文章于2019年3月4日发表在RespiratoryResearch杂志上,影响因子为3.751,通讯单位是广西医科大学第二附属医院。

研究背景:肺癌作为一种发病率和死亡率均高居第二的癌症类型,已经严重影响到人类的生命健康。目前针对肺癌的治疗方式主要是手术结合化疗,这种方式不仅具有较强副作用,而且还容易复发。因此,深入探究肺癌发生的分子机制,寻找肺癌新的治疗靶点将为肺癌治疗提供新的思路和策略。

先前有文章报道指出,microRNA-144-3p影响多种肿瘤的发生发展,但是其在肺癌中的作用目前还不是十分清楚。本文就这个问题进行探究,从临床数据中揭示microRNA-144-3p可以作为非小细胞肺癌的生物标志物。

研究思路:为了探究microRNA-144-3p与非小细胞肺癌发生发展的关系,作者从GEO数据库中获取19个基因芯片数据,其中GSE27486,GSE40738,GSE64951,GSE93300和GSE114711五个数据集来源于血液样本,其他14个数据集来源于组织样本。

随后作者对获取的这些GEO数据集进行分析,发现与正常组织相比,在肺癌组织中 GSE25508、GSE48414、GSE51853、GSE56036、GSE63805、GSE72526、GSE74190和GSE102286这八个数据集的microRNA-144-3p明显下调。

接下来作者对获取的5个血液样本数据集进行分析,作者发现在GSE27486和GSE40738数据集中,microRNA-144-3p的表达同样显著下降。

为了进一步确定这个结果,作者又从TCGA数据库中获得了非小细胞肺癌两个主要亚型肺鳞状细胞癌(LUSC)和肺腺癌(LUAD)的样本,为 LUSC 376例、LUAD488例。通过对样本就行分析,作者发现无论是在LUSC,LUAD还是在整个非小细胞肺癌中,microRNA-144-3p均明显减少。

 与此同时,作者也对这行样本进行了生存分析统计。

接下来,作者探究microRNA-144-3p的靶基因。通过miRWALK2.0数据库,作者发现该miRNA共含有1635个靶基因。此外,作者还通过GEPIA数据库获取了1109个在LUAD中表达上调的基因和1922个在LUSC中表达上调的基因。通过交叉比对,作者发现有34个共同的基因。通过Metascape网站对这些基因进行KEGG和GO分析,获取其涉及到的主要信号通路。

此外,作者还对这些基因进行PPI蛋白互作分析,发现有四个基因——CEP55、E2F8、STIL和TOP2A是microRNA-144-3p参与肺癌发生可能性最大的靶基因。

为了验证这个猜想,作者使用GEPIA网站分析这四种基因在LUAD和LUSC两种肺癌中的表达情况。结果发现这些基因在肺癌中的表达量均明显上升,这就表明在肺癌发生过程中,microRNA-144-3p表达下调,随后其靶基因上调来影响肺癌的发生发展。

总结一下:从这篇文章可以看到,本文的思路比较清晰简洁,主要分为两部分。一部分是通过GEO数据库和TCGA数据库确定在肺癌发生过程中总microRNA-144-3p的表达情况和临床价值;另外一部分是机制探究,基于TCGA数据获取microRNA-144-3p的靶基因,随后对这些靶基因进行GO分析,KEGG分析和PPI分析,确定其分子机制。

3+的生信套路文章就是如此轻松,没钱没时间的小伙伴们赶快试试吧。

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