生信资源网站——做生信必不可少的数据库、分析工具

老话说得好,“巧妇难为无米之炊”,生信文章需要三大要素:数据库、分析工具还有能干的你,第三个要素呢没法直接提供给你,今天还是先给大家安利前两大要素。

1. OBRC: Online Bioinformatics Resources Collection | HSLS

 

网页链接:https://www.hsls.pitt.edu/obrc/

匹兹堡大学图书馆做的生信资源汇总库,提供2458种生信数据库和分析工具,应该是目前全球最全的生信资源库了。除了直接提供关键词的搜索功能,还有直接13种分类,非常清晰明了。

OBRC每一级的菜单都有非常细节的分类,最后对数据库/工具还会提供一个简短的介绍,帮助你快速定位自己想要的资源,可以说非常人性化了。但是唯一有个问题就是,不少资源需要翻墙才能看。

2. ExPasy:SIB (Swiss Institute of Bioinformatics) Bioinformatics Resource Portal

网页链接:https://www.expasy.org/links

ExPasy是瑞士生物信息学研究所(SIB)出品的资源库,提供直接搜索功能,也可以根据【category】或者【首字母排序】来定位资源。

和OBRC不同, ExPasy因为是有专门生信机构运营的,所以资源分为两大类,一类是SIB在维护的资源,一类呢是外网的资源只是提供链接。

3. NCBI数据库

网页链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/#databases_

NCBI数据库的知名度应该比上面2个都要高,NCBI上的资源相对OBRC来说肯定是

少一点的,但是基本上大部分资源都不需要翻墙可以直接进入,

同时,NCBI还有很贴心的一块是【How to】部分会提供非常详细的操作解析,帮助你找到合适的资源,同时还会有保存搜索记录、下载软件等使用帮助。

 

 

4. Nucleic acids research期刊数据库

Nucleic acids research (NAR)应该可以算是生信类期刊中扛把子的了,最新的影响因子是11.561,属于逐年稳步上升的期刊(2012年才8.278)。偏好发生信类的新工具和新数据库,因此也每年都会有个Database issue。相比前3个网站,NAR是以paper的形式介绍这个数据库或者工具,所以非常非常详细!

 

 

5. the Cuckoo Workgroup

网页链接:http://hemi.biocuckoo.org/

上面4个都是国外出品的,但the Cuckoo Workgroup是正宗的“国货之光”,由华中科技大学生物医学工程系的大牛薛宇教授团队出品,请大家先跟小编一起感受一下这个颜值。。

相比前4个资源网站,the Cuckoo Workgroup有很明显的选择性,主要是关于PTMs predictor (蛋白质翻译后修饰位点预测)& 各种做热图、蛋白和核酸结构域作图的多种TOOL & 各种数据库。

BioCuckoo 最特别的地方在于它以薛宇教授自主研发的GPS (Group-based Prediction System, 分组预测系统) 系列算法为基础,构建了多种预测共价修饰底物和位点的计算工具、软件和数据库,也就是其他地方很少能够找到!

对于已经写过生信文章的小伙伴来说,这些数据库或者工具可能可以信手拈来。

但对很多刚准备入门的小伙伴来说,看到这样浩如烟海的资源甚至有点头晕目眩,所以小编贴心为大家准备了一篇Plos One的文章,给出现在生信文章中的高频数据库和工具做了个汇总,可以帮助大家有个初步思路!

杂谈

师妹和博士师兄喜欢同一个男人是什么感受

2019-5-19 18:44:14

杂谈

没找到需要的信息?科研人如何高效搜索自己想要的东西

2019-5-27 22:44:53

0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索