在windows下安装Circos详细版教程

上期依凡介绍了怎么看懂Circos画的图,今天我们说一下Circos怎么安装以及画图。

Circos采用perl编程,其正常运行需要perl环境,同时要依赖一些perl模块苹果电脑中一般都装了perl,因此在Circos官网直接下载对应的版本即可;而在windows系统中,我们需要先装一个perl软件,然后再装Circos。

今天我们就以windows系统为例详细讲解安装过程。

第一步是安装strawberry perl (http://strawberryperl.com/),安装方法与常规软件安装一样,此处省略若干字。

 

安装完以后在开始菜单的搜索框中输入“perl”,点击enter键,即可出现如下“小黑屏”,输入“perl -v”可以显示版本信息,说明perl已经安装成功。

 

第二步是安装Circos说是安装,其实只要把文件下载后解压缩,就可以直接使用了。例如我们把Circos软件放入“D:安装软件”这个目录下,那么Circos主程序的完整路径为“D:安装软件circos-0.69bincircos”,在命令行输入“D:安装软件circos-0.69bincircos-modules”,可以检查它所依赖的perl模块有没有安装上,如果全部显示“ok”,则表示模块都已经安装上,后面我们就可以直接使用了。如果有模块没有安装成功或者想安装其他模块,可通过cpan Module::Name命令安装

 

由于使用中会用到一些dos命令,因此我们简单插播两个实用的dos命令(不区分大小写):dir(directory)和cd(change directory)。

 

dir可以查看当前路径下有哪些文件;单独输入cd可以查看我们当前所在路径,cd后接路径则可以进入其他目录,而“cd  ..”则表示回到上一级目录(一个“.”表示当前路径,两个点“..”表示上一级路径)。

 

由于我们的数据都放在了D盘,我们在命令行直接敲入“D:”即可进入D盘,之后输入“cd D:安装软件circos-0.69bin”,进入Circos主程序所在路径。

 

第三步就是运行Circos上一期我们讲过运行Circos需要两类文件,一个是配置文件circos.conf,另一个是我们实际作图的文件。配置文件是Circos学习的一个难点,好在软件的教程(tutorials)中提供了很多已经配置好的文件,同时也提供了示例数据(data)可以供我们学习和模仿。

 

我们随机选了一个示例数据通过cd命令进入“cd D:安装软件circos-0.69tutorials16”,在该目录运行如下命令“D:安装软件circos-0.69bincircos -conf circos.conf -outputdir .-outputfile tutorial.png”,即可生成名称为tutorial.png的Circos图。tutorials中还有很多示例,我们可以挨个进去练习。当我们需要画类似的图的时候,可以参考tutorials中相应的配置文件,以此为基础修改修改就可以用了。

 

OK,今天就到这里了,我们下期见。

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