文献解读:一种数据挖掘加实验的文章思路(干湿结合)

今天,我们分享一种数据挖掘加实验的发文套路,这篇文章发在Gene上,这个期刊的影响因子为2.498,为OA期刊,版面费需要2000$

这篇文章题目:ZNF154 is a promising diagnosis biomarker and predicts biochemical recurrence in prostate cancer

文章来源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=ZNF154+is+a+promising+diagnosis+biomarker+and+predicts+biochemical+recurrence+in+prostate+cancer

发文套路:

1、从TCGAGEO上下载甲基化数据和RNAseq数据

2、对甲基化数据做差异分析,筛选出有差异的基因

3、在众多的基因中,发现ZNF154最值得后续分析

4、拿ZNF154到Oncomine中验证,发现也是有差异的

5、甲基化位点与mRNA的表达水平相关性分析

6、对ZNF154做共表达分析,对前100个共表达基因做功能分析

7、收集病人样本,进行定量PCR,发现ZNF154也是有差异的

8、绘制ROC曲线,确定诊断价值

9、ZNF154甲基化与临床性状的相关性分析

10、进行Cox回归分析

11、进行生存分析,确定各位点甲基化水平预后价值

最终,发现ZNF154能够作为诊断前列腺癌生物标志物,并且能够预测复发。

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