circRNA高分文章的三个研究思路

关于circRNA今年5-10范围的文章,我们之前给大家介绍了两种模式:一种是表达谱类型的文章,还有一种是circRNA作为ceRNA吸附miRNA调控靶基因和通路发挥功能,今天我们来看过10分的文章是怎么做的。

上次我们说2017年发表的10分以上的文章数量不到60篇,我们下面就总体梳理下这些文章的研究方向,总体来说,这些文章的研究可以分为三类:

1. 跳出ceRNA机制,从cirRNA与蛋白或者DNA结合研究下游功能。就像miRNA或者lncRNA一样,在筛选确定某个有功能的新分子以后,一般先围绕这个circRNA如何调控下游的靶基因和通路来说明这个新分子是怎样发挥功能的,所以做下游是最常见的思路,而circRNA在做下游机制的时候最容易想到的是吸附miRNA这个思路,这个套路大家是最熟悉的;其实,circRNA还可以与蛋白结合、与DNA结合,因此与蛋白结合的研究(如去年的文章Foxo3 circular RNA retards cell cycleprogression via forming ternary complexes with p21 and CDK2. Nucleic Acids Res. 2016 Apr 07 ;44(6) )以及与DNA结合的研究(如circRNA from SEPALLATA3 regulates splicing of its cognate mRNA through R-loop formation.Nat Plants 2017 Apr 18 ;3)。

circRNA与蛋白的结合

circRNA与DNA的结合

 

2. 围绕circRNA的产生或者上游展开。

既然有下游,那就有上游。对circRNA来说,本身的产生(biogenesis)就是一个比较有意思的问题,既然circRNA和mRNA是剪接方式的不同产生的:

在各种生理和病理状态下,其异常的高低表达也是一个问题,研究主要围绕剪接过程中的异常展开。比如:

The Output of Protein-Coding Genes Shifts to Circular RNAs When the Pre-mRNA Processing Machinery Is Limiting.Mol. Cell 2017 Nov 09

剪接体(spliceosome)或转录终止因子影响mRNA和circRNA的平衡)

  • Coordinated circRNA Biogenesis and Function with NF90/NF110 in Viral Infection.Mol. Cell 2017 Jul 20 ;67(2)

  • RBM20 Regulates Circular RNA Production From the Titin Gene.Circ. Res. 2016 Oct 14 ;119(9)

  • FUS affects circular RNA expression in murine embryonic stem cell-derived motor neurons.Nat Commun 2017 Mar 30 ;8

  • The circular RNA circBIRC6 participates in the molecular circuitry controlling human pluripotency.Nat Commun 2017 Oct 27 ;8(1)(这篇文章circRNA的上下游都有)

 

3. 研究circRNA的蛋白翻译。

circRNA按照定义来说,可以归属为lncRNA的范畴,前面我们也介绍过非编码RNA能编码蛋白的研究,既然要发高分文章,狗咬人不稀奇,人咬狗才有创意,母鸡下蛋不稀奇,公鸡下蛋才能上新闻:

(自带音效,余音绕梁,三日不绝)

比如:

  • Novel Role of FBXW7 Circular RNA in Repressing Glioma Tumorigenesis.Natl. Cancer Inst. 2018 Mar 01 ;110(3)

  • Circ-ZNF609 Is a Circular RNA that Can Be Translated and Functions in Myogenesis.Mol. Cell 2017 Apr 06 ;66(1)

  • Translation of CircRNAs.Mol. Cell 2017 Apr 06 ;66(1)

当然,还有一个就是RNA甲基化修饰影响circRNA的翻译过程,比如:

Extensive translation of circular RNAs driven by N6-methyladenosine.Cell Res. 2017 May ;27(5)

如果大家对circRNA蛋白感兴趣,也可以使用CircPro

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