全面的miRNASNP(单核苷酸多态性)数据库

这是一个目前最新,并且十分全面的有关 miRNA SNP(单核苷酸多态性)数据库。
 
随着国际项目(1000 基因组项目,TCGA,ExAC 等)的完成,已经存有大量新的单核苷酸多态性(SNP)相关数据。
 
此数据库可以预测 miRNA 的靶标基因与二级结构,以及 miRNA-靶标相互作用(MTI)和二级结构的作用。同时,可以识别疾病相关变异(DRV)等等。
 

今天,我们就一起来看看这个数据库

数据库具体情况是啥?
网址:
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP/#!/ 
输入网址,进入主页,在检索栏输入感兴趣的 miRNA/Gene/SNP,我们以 「hsa-let-7f-5p」为例,点击搜索。
 
图片来源:网站截图

 

在此会展示所填选的 miRNA 的基本信息,包括它的序列、前体 miRNA 的 ID、位置、序列,miRNA 变异种子相关信息等。

 

如果感兴趣,可以点击蓝色的链接查看相关的详细信息,点击右侧「FASTA」可以查看相关序列。
 
图片来源:网站截图

 

1. 在各癌症组织中的表达情况
 
该数据库从 TCGA 门户网站下载了 33 种癌症的基因表达数据和 miRNA 表达数据。
 
对于每种癌症,在基因和 miRNA 之间都进行了皮尔逊相关分析,总体相关系数值显示在信息面板中,可以单击以弹出每种癌症类型的相关系数值直方图。

 

图片来源:网站截图

 

下面展示的结果是从 CellMinerCDB 下载的 18,724 种药物/化合物的药物敏感性数据(GI50)和 NCI-60 中 355 个 miRNA 的表达数据。
 
药物/化合物用 NSC ID 及其相应的 PubChem SID  进行注释。另外还从癌症细胞系百科全书(CCLE)下载了通过 IC50 测量的 24 种药物的敏感性数据,并显示了 626 个 miRNA 的表达数据。
 
然后,该数据库在药物敏感性和 miRNA 表达之间进行了 Spearman 相关分析。
 
结果显示在 miRNA 详细信息表中。这里只列出了 NCI-60 中 P 值<0.05 和 FDR <0.05 的 miRNA-化合物,对于 CCLE 数据,这里也给出了药物与 miRNA 之间的所有相关系数值。

 

图片来源:网站截图

 

2. 人类成熟 miRNA 的变异

 

这个模块共列出 2652 个成熟 miRNA 中的 18,666 个 SNPs 和 2,409 个 DRVs,其中 5,356 个 SNPs 和 649 个 DRVs 被定位到 2,624 个 miRNA 种子区。
 
表中红色的链接代表成熟体 miRNA 及其前体 miRNA 的详细信息,点击表中蓝色的链接可以查询 miRNA 的来源。
 
图片来源:网站截图

 

3. 人类前体 miRNA 的变异

 

在此模块中列出了 1,913 个前体 miRNA 中的 46,826 个 SNP 和 6,003 个 DRV。
 
表格中的红色链接显示了前体 miRNA 的详细信息,包括 pre-miRNA 的二级结构及其变异影响。表中的蓝色链接重定向了 miRNA 的来源。

 

图片来源:网站截图

 

4. 单核苷酸多态性

 

miRNASNP-v3 共鉴定出 46,826 个 pre-miRNAs 中的 SNPs 和 7,115,796 个 3’UTRs 基因中的 SNPs,包括在 miRNA 种子区中的 5,356 个 SNPs。
 
对于 miRNA 种子区的 SNPs 和 3’UTRs 基因中的 SNPs,我们主要关注它们对 miRNA 的影响: 基因间的相互作用,对于 pre-miRNA 中的 SNPs,我们研究了它们对 pre-miRNA 结构的影响。
 
我们可以检索特定的基因或 miRNA 以获得其中的 SNP,并探讨 SNP 对 mRNA:miRNA 相互作用的影响。
 
图片来源:网站截图

 

5. 疾病

 

下面列出的疾病相关变异(DRV)位于 pre-miRNA 和基因 3’UTR 中。
 
这里整合了来自 COSMIC 的 175,985 个突变的病理信息,来自 ClinVar 的 32,136 个变异的疾病信息以及来自 GWAS 目录的 235,148 个 SNP 的疾病/特征信息以构建此模块。
 
我们可以按组织浏览 DRV 或输入感兴趣的疾病以获得最匹配的 DRV。

 

数据库又根据其位置将这些变化分为三类。
 
图片来源:网站截图

 

对于 pre-miRNA 的变异,我们提供了由该变异引起的 pre-miRNA 二级结构的最小自由能变化。
 
在此模块中,我们可以通过选择感兴趣的组织或输入疾病描述来筛选与特定疾病相关的变异

 

图片来源:网站截图

 

对于 miRNA 种子区域和基因 3’UTR 中的变异,提出了靶标的增/减信息。

 

图片来源:网站截图

 

点击 Resource 栏下 GWAS ,会展示出对于每个 SNP 的性状相关区域条形图。
 
图片来源:网站截图

 

图片来源:网站截图

 

6. 预测

 

miRNASNP-v3 提供了三种在线预测。

 

(1) 预测 3’UTR 基因变异对 miRNA:mRNA 相互作用的影响。
 
首先,该方法将扫描 2652 个成熟的 miRNA,以通过 miRmap 和 TargetScan 预测野生型和 SNP 型 3’UTR 序列的靶 miRNA,然后按照在 miRNASNP 中构建的分析流程来获得增益/损失目标。
 
图片来源:网站截图

 

图片来源:网站截图

 

(2)预测 miRNA 中的变体对 miRNA 与靶标相互作用的影响

 

该方法将扫描 18,286 个基因 3’UTR,以预测野生型和 SNP 型 miRNA 序列的靶标基因(为了节省计算时间,该模块将使用每个基因的最长转录本进行在线预测)。
 
预测结果将提供一个摘要版面,以及其他四个版面,以显示野生/ SNP 型序列的增益靶标,丢失靶标,预测靶标。

 

图片来源:网站截图

 

(3)为了预测 pre-miRNA 的变化对 miRNA 结构的影响,通过 RNAfold 预测每个 SNP 的 SNP 型序列的最小自由能(MFE)。

 

图片来源:网站截图

 

 

数据更新
目前的 miRNASNP-v3 对以下数据进行了更新:

 

1、前 miRNA 中的 SNP 及其对 miRNA 的影响。

 

2、miRNA 种子区域和基因 3’UTR 中 SNP 的目标增/减。

 

3、在线工具可预测新型 SNP 对 miRNA 功能的作用。

 

4、经过实验验证的 miRNA-靶标相互作用。

 

5、miRNA 和基因的表达和相关性。

 

新增功能
miRNASNP-v3 中又增加了新功能,包括:

 

1、miRNA 和 3’UTR 基因中的 DRV(疾病相关变异)(NHGRI GWAS 目录,ClinVar,COSMIC)。

 

2、DRV(疾病相关变异 对 miRNA 靶的增/减和二级结构产生影响。

 

3、通过 miRNA 种子区域的变化,miRNA 靶基因获得/缺失的基因富集。

 

4、药物敏感性和 miRNA 的相关性。
真是一个全面细致的数据库,对于做 miRNA 或者肿瘤相关研究的人来说是一个不可或缺的数据库。
 
这么多强大的功能一定能助你发高分文章,你也来试一试吧!
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利用PPT完成论文当中的作图,以叶绿体figure为例

2019-12-27 16:19:34

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2019-12-29 0:16:52

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