图形化生物软件专题(2):IGV

耳听为虚,眼见为实,很多时候我们需要用眼睛来亲自看一下发生了突变的SV。尤其是这些突变非常关键的时候。通过可视化进一步确认SV的可靠性是非常有必要的。IGV就是这样一款非常有用的基因组可视化工具。tablet只能用来看测序数据,而IGV除了能够查看每个位点的测序覆盖情况,同时也可以查看位点的突变情况,功能更加强大。


IGV

Integrative Genomics Viewer 交互式基因组浏览器,它是一种高性能的可视化工具,用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型,包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。
下载安装:
由于需要使用java,一些设备默认没有安装java,需要提前配置好jiava运行环境。
java下载地址:https://www.java.com/zh_CN/
igv下载地址:http://software.broadinstitute.org/software/igv/home

使用案例

IGV支持多种文件类型。
输入文件:
fasta:参考基因组
bam:测序数据比对文件
vcf:突变信息文件
bed:基因组坐标区间信息

1、启动软件,启动的时候会突然闪一下,这是在dos下完成软件启动,第一次启动软件自动从亚马逊云下载人基因组hg19序列,比较讨厌。

2、这就是软件界面,看起来比较简陋。

3、首先点击Genomes,加载基因组序列,基因组序列可以来自于本地文件,来自于网络服务器,来自于一个网址,如果点击from server,然后选择需要的物种,将会开始下载,下载速度还比较快。

4、导入完基因组序列之后,就可以导入其他文件,点击菜单中的File,同样文件也可以从本地加载,从服务器或者从一个网址下载,一次可以载入多个样品文件。

5、加载文件bam后,直接点击右上角放大

6、通过IGV可以详细查看每一个突变类型,支持的reads等。

除此之外,IGV还可以同时比较多个样品间的差异,支持导入需要查看的基因列表快速等位,可以将感兴趣区属信息输入出来,也可以将当前界面进行截图保存等等特性。更多内容可以查看IGV的详细文档。

http://software.broadinstitute.org/software/igv/userguide

工具介绍

Lnc2Cancer:肿瘤lncRNA数据库

2020-6-19 21:22:33

工具介绍

图形化生物软件专题(3):TBtools

2020-6-20 22:59:04

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