图形化生物软件专题(1):tablet

虽然笔者一直大声疾呼学习生物信息或者做生物信息分析一定要学习Linux敲命令,因为大部分生物软件都是命令行运行的,但是依然还是有很多非常好用的图形化生物软件,这并不矛盾。敲命令还是点鼠标并不是非黑即白,零和游戏。都是一个工具,各有各的应用场景。在接下来的几期推送中,我们将精选一些优秀的图形化生物来做简单介绍,希望对于您的生物数据分析有所裨益。


tablet介绍

所谓“耳听为虚,眼见为实”,很多时候,自己用眼睛亲自看过才比较可靠。而tablet就是一款可视化高通量数据的一款软件,我们可以通过该软件直接看到每个位点的比对细节,例如该位点被测序了多少次,每个碱基具体是什么。tablet可以用于基因组的可视化,例如可以查看拼接结果每个位点的细节信息,例如有多少位点覆盖以及每个位点具体的细节信息,还包括一些插入缺失的信息,通过tablet的可视化,可以用来评估拼接结果的准确性。对测序数据有一个直观的了解。

 

tablet安装

tablet工具支持windows,Linux,macos等多个版本。直接从官网下载安装即可,需要64位系统。
软件官网:https://ics.hutton.ac.uk/tablet/

图 1 tablet可视化基因组

准备输入文件

tablet需要输入拼接基因组序列与测序数据与拼接结果比对的bam文件,输入的bam必须是排序建索引后的bam,同时拼接的基因组序列也需要建立索引。

1、参考序列fasta格式以及samtools faidx索引;

2、比对生成排序后的bam格式文件,并samtools建立索引

3、可选添加一些features文件,例如gff,gtf等 。

#建立索引
minimap2 -d co92.min co92.fa
#比对
minimap2 -ax map-ont  co92.min ../4.filter/clean.filtlong.fq.gz >s1037.sam
#samtools处理
samtools sort [email protected] 4 -O bam -o s0137.sorted.bam s1037.sam
samtools index s0137.sorted.bam
samtools faidx s1037.fa

使用案例

1、将准备好的文件,至少四个,参考序列fasta格式及索引fai文件,比对并排序后的bam文件及索引bai文件;

co92.fna
co92.fai
co92.gff
s1037.sorted.bam
s1037.sorted.bam.bai

2、打开tablet,首先导入bam文件,然后导入fasta文件,索引文件无需导入,但必须与对应文件在同一目录下,(tablet对中文支持不好);

3、可以通过鼠标调整显示模式;

4、tablet还支持导入gff格式结果,方便查看固定区域,(图中高亮区域)

工具介绍

转录调控网络数据库TRRUST介绍

2020-6-19 21:01:29

工具介绍

ORdensity快速找到差异表达基因

2020-6-19 21:16:33

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