ETCM数据库:中药-靶点-疾病的关系

之前我们写过一篇如何找中药和疾病的文章,大家没看过的可以先看看那篇文章。今天这篇文章也算是前一篇的延续,今天想要跟大家分享的是一个中医中药的数据库,也是做网络药理学研究比较常用的网站。

ETCMThe Encyclopedia ofTraditional Chinese Medicine

网址:

http://www.tcmip.cn/ETCM/index.php/Home/
被称为传统中药百科全书的ETCM网站是2018年上线的中草药的数据库。数据库中收录了402种中草药、3959个药方、7284种有效成分,此外还收录了中草药有效成分可能靶向的基因靶标2266个,及相对应的4323种疾病。同时,数据库提供了系统分析的方法和结果,方便你对中药进行深入了解。
那么问题来了,我们能用这个数据库做什么?
1、找草药
点击Herbs,首先看到的就是三个饼图,数据库分别根据草药的类型、特性和针对的人体经络进行了分类。
我们在第三个饼图选择肺经(lung meridian),来看看草药的具体情况。
搜索结果呈现出了能够影响肺经的草药,比较贴心的是数据库也支持中文搜索,同时也会有中文的解释。我们点开第一个选项白果看一下(不知道这个白果,是不是白果炖鸡的那个白果)。
草药都是以中文进行的基本介绍,包括分布、外观、采摘时间和处理方法等。
数据库列举了草药中的有效成分,以及预测得到的潜在靶标。网页下拉到这一模块的最后,还能看到白果可能靶向基因的GO分析,当然不仅仅是有这个图。
生信分析的标配,靶向基因的信号通路分析图也帮你做好了。如果感觉这个还不够的话,还有下面这个。
总的来说,网络药理学的生信分析图基本数据库都能够挖掘到,就看你怎么去用好这个网站了。
2、找靶基因
如果有了确定的靶基因,就可以反向去找药物,不过不是每一个基因都能找到对应的药物,比如我用我最常举例的HK2去搜索,就没有靶向的草药。
Target检索的好处在于基因和药物都可以溯源到基本介绍,便于我们了解基因功能和药物成分。我比较常用的还是通过Network去分析特定药物作用在哪些靶基因上。
点击Systematic analysis,按照网站的提示步骤一步一步操作,以艾叶为例,我们就可以通过限定找到艾叶的有效成分可以靶向的基因了,在深入分析这些基因在信号通路中发挥怎样的功能,是不是就有了一点思路了。
数据库能做什么,怎么去做,都在这篇文章里了,感兴趣的同学可以结合这篇文章去挖掘一下。
文章中的网络图既是一种数据库的介绍,也可以看做中草药网络药理学的思路图。
希望今天的分享对大家有用。
参考文献:
Xu HY, Zhang YQ, Liu ZM, et al. ETCM: an encyclopaedia of traditionalChinese medicine. Nucleic Acids Res. 2019;47(D1):D976-D982.doi:10.1093/nar/gky987
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2020-6-21 22:18:21

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怎么对Pubmed检索结果按影响因子过滤?

2020-6-23 20:11:24

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