第一次见3D的火山图

大量的NGS队列都是肿瘤研究领域,比如乳腺癌领域的复旦邵志敏团队TNBC队列,肺癌领域的吴一龙教授团队的队列,以及新加坡国家癌症中心的东亚肺腺癌(EAS LUAD)列队,动辄经费百万起步。

但是我一直在纳闷,为什么都是肿瘤学大佬呢,ngs组学也可以应用于其它疾病啊,心血管疾病,糖尿病啥,最近搜文献无意中发现了一个类风湿关节炎,Rheumatoid Arthritis (RA) 的队列研究。

这个队列研究发表在Cell Rep. 2019 Aug ,文章题目是;《Molecular Portraits of Early Rheumatoid Arthritis Identify Clinical and Treatment Response Phenotypes》,队列全称是:Pathobiology of Early Arthritis Cohort (PEAC).迅速浏览全文的时候,居然看到了一个3D的火山图,如下所示:

3D的火山图

确实很有意思,火山图的本质并没有变化,这个时候竖着的不是Y轴,而且Z轴,但是竖着的仍然是P值的-log10转化形式,也就是说,在Z轴上面的基因统计学更显著。然后在2D火山图的X轴,在3D火山图里面变成了X,Y轴组成的平面,以前只需要表示一个差异分析场景的logFC,现在需要表示3次差异分析的logFC啦。

Lympho-myeloid, diffuse-myeloid, and pauci-immune fibroid vectors are mapped to 3 axes lympho-myeloid (L), diffuse-myeloid (M), and pauci-immune fibroid (F) using polar coordinates in the horizontal plane.

我觉得这个3D的火山图并不好

其实是3个分组,三次差异分析,理论上各自的差异分析分析结果可以两两比较,也就是3个比较而已,看logFC图,或者差异基因交集的韦恩图都没有问题。但是这个3D的火山图就很让人费解,虽然是作者也单独把X.Y轴的平面拿出来了,也能看得出来部分基因在哪两次差异分析里面达到了统计学显著。

 

虽然说这个3D的火山图我不喜欢,但是这篇文章仍然是有很多图表都可圈可点,建议大家花时间下载读一下,文章题目是;《Molecular Portraits of Early Rheumatoid Arthritis Identify Clinical and Treatment Response Phenotypes》

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