TissGDB数据库查看各个组织的基因表达情况

我们选定一个基因作为我们的研究对象,就需要充分了解这个基因的表达、功能、与哪些生物学功能相关、与哪些蛋白有相互作用的可能等等。仅这些内容你就可能需要读很多文献,还得去GenecardTCGAGEPIAKEGGGO…一路看过来,相当繁琐。

今天给大家分享的这个数据库就比较全面了,聚焦于组织特异性基因,同时汇总这个基因的方方面面,可以说对于做肿瘤的小伙伴是一个一站式数据库。

TissGDB

网址是:https://bioinfo.uth.edu/TissGDB/

TissGDB是癌症组织特异性基因注释数据库,旨在在组织特异性的背景下为癌症和相关疾病研究提供资源或参考。首先从三种代表性的组织特异性基因表达数据库(HPATiGERGTEx)中收集了22种组织类型的8,172TissGenes,它们与TCGA28种癌症相匹配。最后选择了从至少两个组织特异性基因表达资源中检索到的2,461TissGenes,以确保这些基因的组织特异性。对于这2461TissGenes,我们使用TCGA数据通过以下7种注释类别对28种癌症类型进行了基因表达,体细胞突变和基于预后的分析:TissGeneSummaryTissGeneExpTissGene-miRNATissGeneMutTissGeneNetTissGeneProgTissGeneClin

网站提供了一种检索三种浏览方式,可以直接通过Gene symbolEntrez gene IDUniprot accession直接检索基因的表达,也可以通过肿瘤类型(cancer type),组织类型(tissue type)和染色体(chromosome)进行浏览。

我们通过乳腺癌(BRCA)中的一个基因来示范一下。

我们可以看到在乳腺癌中有37个特异性表达基因,我们选择ABCC11,来看一下这个数据库中有什么能提供给我们。

基因的概述,基本信息以外的其他信息都是链接到其他专业网站,给出了多个选项。

TCGA数据库中,该基因在不同肿瘤组织及不同检测方法下的表达情况。

该基因在正常组织中的表达水平。

TCGA数据库中,肿瘤与正常组织该基因的表达差异分析,图片下方提供了具体的表达差异、P值及FDR值。

基因在不同组织中,单核苷酸多态性的数据比较,同时网站提供了每一个位点具体数据,由于表格太长,我们就不摆了。

还有这个基因在不同癌症中,表达与患者生存期之间的关系,点击图片就可以看到高清大图。

网站还提供了CNV的变化表、miRNA的互作图、Forest Plot等,每一个基因提供的分析数据全面程度不同,研究比较成熟的基因有更为丰富的数据可以挖掘。

这个网站其实已经帮我们筛选了出了组织特异性的基因,这些基因可能在这个肿瘤中发挥着特殊作用,从这个出发点,是不是有点思路了。

以上就是今天的分享,如果对你有所帮助,点一下“在看”鼓励一下作者吧!

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