如何安装github上的R包

我们知道R包一般储存在两个仓库:

1、CRAN,来自R官方

2、bioconductor,生信专属

但有一些R包并没有正式在这两个仓库发布,而是存储于github–全球最大的同性交流平台(摘自依凡老师语录)。

比如celltalker这个包,是单细胞测序分析里面找受体配体配对关系的,我们以这个包为例来看看如何安装。

首先,登录github官网https://github.com/,搜索一下celltalker

出现一条搜索结果

 

继续点蓝色字,进入这个包的页面,

 

网页里面其实已经给出了第一种方法

方法一、利用devtools安装

如果没安装devtools,需要先安装一下。

install.packages(devtools)

然后利用这个工具装包

library(devtools) ##调用这个包install_github("arc85/celltalker"###安装R包

看起来一气呵成,自动化代码太贴心了!可是,现实却很骨感,最近用代码安装几乎就没有成功过,总是连接不上,难道就因为github来自国外?

报错如下

即便把这个代码运行一百遍,得到的还是一样的结果,小编脾气不好,差点把电脑砸了。

还好,小编后来发现了更稳的方法!–直接从网站下载,本地安装。

方法二、本地安装法

首先从github下载安装包。

点一下Clone,再点一下Download ZIP,就可以下载了。

 

比如下载到D盘,把压缩包解压一下,

install.packages("D:/celltalker-master/",repos=NULL,type="source")

如果安装的过程中报错,比如提示依赖包tidyverse没有安装,则需要单独装一下。

library(celltalker)  ###调用此包,检测一下有没有装上

运行之后,没有报错,安装成功!

小编又用此方法试了其他几个包,都非常顺利,一点都不闹心!

生物信息学

非肿瘤研究领域生信分析思路以及经典文献推荐

2020-6-28 23:19:48

生物信息学

基因组突变信息的circos图

2020-6-29 13:32:16

0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索