样本反复冻融会对RNA有什么影响?

大家在从事RNA相关研究工作中,经常会遇到这样的问题:样本可以反复冻融吗?反复冻融是否会造成RNA降解?反复冻融是否会影响后续实验?

北京大学Ying Hu等在杂志BIOPRESERVATION AND BIOBANKING发表题为Influence of Freeze-Thaw Cycles on RNA Integrity of Gastrointestinal Cancer and Matched Adjacent Tissues的文章,研究反复冻融对胃肠道癌及癌旁组织RNA完整性的影响,一定程度上回答了反复冻融对RNA样本影响的问题。

 

 

背景:癌组织与癌旁组织RNA表达谱的比较分析是肿瘤研究的重要组成部分。高质量的RNA是获得一致、可靠结果的关键,特别是对于癌症生物标志物的鉴定。然而,反复冻融胃肠道癌及癌旁组织RNA质量的影响仍然不清楚。

目标:探讨反复冻融对组织RNA完整性的影响。

方法:将胃肠道癌及癌旁组织在提取RNA前进行二次冻融。用TRIzol试剂提取每个样本中的总RNA,并安捷伦生物分析仪评估RNA完整性(检测RIN值)

组织都被切成类似的大小,FT0保存在RNAlater RNA保存液中;FT1-80℃冷冻30分钟,在室温下解冻10分钟,即反复冻融一次,然后保存在RNAlater 中;FT2反复冻融两次,然后保存在RNAlater 中。共10种不同的组织样本,分别采取上述操作。

结果:所有样本的RIN随反复冻融次数的增多呈下降趋势,从下图中可明显看出,RIN值从未反复冻融的平均8左右下降到反复冻融后的5左右。

 

 

作者针对不同组织样本分别做图,发现反复冻融均对样本有不同程度的影响。

 


 

结论:冻融对胃肠道癌及邻近非癌组织的RNA完整性有影响 

以上为本文的主要内容,文章证实了反复冻融对RNA完整性存在较大的影响。

建议将样本在进行保存之前进行分装,后续根据实验需要取样品,以避免反复冻融。

基础实验

RIN值多少才能做转录组?

2020-8-14 23:57:47

基础实验

RNA病毒感染PCR阵列

2020-8-14 23:58:34

0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索