NCBI数据库指南(二)BLAST介绍part1

好久木有更新啦~吧啦吧啦最近有点忙~还偶尔涨几个粉挺开心~哈哈~为了系统性一点,自己学一点点后攒起来再分享~今天有放大招啊~发布的内容比较多~以后更新的速度依然不会太快~哈哈

前面分享了NCBI的文献检索和跟踪

今天分享NCBI BLAST的学习心得~主要是NCBI网站的BLAST的使用,暂时不介绍本地BLAST+工具和API等等。

然后今天还大放送Pubmed插件的使用指南,八卦NCBI发展的简史(见列表文章

 

1、BLAST 简介
引自NCBI手册

BLAST的全称“Basic Local Alignment Search Tool” ,顾名思义,在序列相似性搜索过程中BLAST执行“局部”对齐。

BLAST的搜索格式主要有以下几种:

NCBI手册中有一小章节介绍了BLAST工具,很遗憾这里并没有细致的操作说明(但是人家有跟你说去哪里看细致的说明)~我看完的感受是为BLAST建了一个框~

如果需要关于BLAST的上述目录中的内容的PDF中文版文件~文章最后面我会给获取方式~~)

2、BLAST序列比对

1、 打开BLAST

1)BLAST 的网站可以通过https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi直接进入;

2)从NCBI主页进入

2、 BLAST 页面介绍

1- 通用BLAST 标头

1.1 NCBI名称,可以链接到NCBI的主页;

1.2 BLAST 主页链接;

1.3“最新结果”链接;BLAST的搜索结果可以保存36h.

1.4“保存的策略”标签;列出了之前保存的一组搜索设置参数。它允许检查使用的搜索设置参数,快速重新启动这些搜索,以及下载用于在独立BLAST中共享或重复使用的特定策略。

1.5“帮助”选项;链接至BLAST ftp站点(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/或https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/)上的帮助文档、教程、参考文献和有用下载目录的链接列表。

1.6 “我的NCBI”,一个来自NCBI的免费帐户,允许用户定制他们的网站偏好和管理他们在网站上执行的作品。可以注册NCBI账户,获得比较个性化的服务,参考NCBI数据库指南(一)。登录时执行的BLAST搜索允许通过“最近的结果”页面访问36小时的搜索结果。保存的策略将被永久保存。

2-提交搜索的工具之一:基本的BLAST

2.1 有五个BLAST搜索页面,每个页面执行特定类型的序列比对。具体如下:

类型 输入VS数据库 比对 程序和功能
nucleotide
blast 
nucleotide vs nucleotide  Nucleotide megablast:用于序列鉴定,种内比较
不连续megablast:用于种间比较,使用编码序列搜索
blastn:用于查询较短的查询,进行种间比较
protein blast  Protein vs protein protein blastp:一般序列识别和相似性搜索;Quick  BLASTP:用Kmer匹配加速搜索速度非常相似的蛋白质;DELTA-BLAST:蛋白质相似搜索灵敏度高于blastp;PSI-BLAST相似性搜索:迭代搜索position-specific得分矩阵(PSSM)来确定蛋白质远亲家庭;PHI-BLAST:蛋白质与输入模式作为锚/约束
blastx nucleotide (tr) vs protein protein blastx:用于识别核苷酸查询编码的潜在蛋白产品
tblastn  protein vs nucleotide (tr)  protein tblastn:用于识别编码类似于查询的蛋白质的数据库序列
tblastx  nucleotide (tr) vs nucleotide  (tr)   protein tblastx:基于编码潜力来识别与查询相似的核苷酸序列

2.2 BLAST序列数据库的内容如下:

2.3 核苷酸BLAST比对参数设置

参数的选择:

可以设置以不同的速度和灵敏度进行核苷酸vs核苷酸搜索。

  • 默认的megablast更适合例如识别输入查询和使用大型基因组查询进行搜索。

  • Discontiguous megablast 在寻找其他物种的相关序列方面效果更好。

  • blastn更适合短输入查询和识别短匹配,比megablast更适合跨物种搜索。

可以直接点击“ BLAST”按钮(F)将搜索提交给BLAST服务器进行处理。完成后将自动显示结果。

也可以点开Algorithm parameters 进行更多的参数设置;

上述就是核苷酸BLAST的参数设置的介绍;

基础实验

qPCR标准操作要求解读----The MIQE Guidelines

2020-8-14 23:44:54

基础实验

细胞应激反应PCR阵列

2020-8-14 23:50:17

0 条回复 A文章作者 M管理员
    暂无讨论,说说你的看法吧
个人中心
购物车
优惠劵
今日签到
有新私信 私信列表
搜索