使用SnapGene viewer绘制比较基因簇结构图

SnapGene viewer是一款专业的质粒图谱绘制软件,也可以绘制比较基因簇结构图,小编以基因组里的原噬菌体为例,想要学习的小伙伴们,可以跟着小编学习哦!
1寻找原噬菌体

1.1 PHAST
打开PHAST (http://phast.wishartlab.com/)网址,输入基因组Genbank accession number/fasta件,点击submit.

1.2 选择prophage
选取PHAGE_Shigel_SfII

2 NCBI BLAST比对
2.1目标序列的比对
通过PHAST比对的结果,如下图标记的前者是基因组里的基因名,后者是噬菌体的GI号,下载蛋白序列进行NCBI blastp比对。
网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
2.2 blastp比对
一般我们认为identity >30%;e-value <1e-10;score>200;overlap >60%,二者具有同源性。
3 SnapGene viewer作图
3.1导人序列
导入序列从NCBI上下载基因组上比对上的基因区段与phage_shigel_sfii基因(gb文件),导入序列后,SnapGene Viewer会自动识别质粒序列上的酶切位点等信息,依次点击下方的图标,将文字信息去除。
3.2 基因结构绘制
双击在DNA line下方的基因,适当调小基因的长度,让基因落在DNA line上(这里是使图片美观的,也可以不设置),根据比对结果,与基因组同源的基因设置成一样的颜色,点击file,将图片导出 Map。(svg矢量图格式,用于后续AI绘图)
3.3使用AI软件进行拼图
打开Adobe Illustrator CS6,选中矢量图,放置到一个模板里,小编这里就只加了标尺与名称,根据需要你们可以自行添加标注与注释等信息。
 

工具介绍

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2020-8-15 16:41:32

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2020-8-16 12:23:29

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