除蛋白核酸外的其他数据库汇总

前两期分享了蛋白和核酸的相关数据库,今天分享一下除他俩之外的其它数据库,具体汇总如下:

免疫学相关数据库

MHCI结合表型预测:http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/hla_bind/

非常好用

两种常用表位预测数据库

ProPred-I:http://www.imtech.res.in/raghava/propred1/

SYFPEITHI:http://www.uni-tuebingen.de/uni/kxi/

MHCI表型预测与蛋白酶体降解分析

SYFPEITHI的MHCI表型预测工具:http://syfpeithi.bmi-heidelberg.com/Scripts/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm

SEREX数据库:http://www2.licr.org/CancerImmunomeDB/

CT抗原数据库:http://www.cancerimmunity.org/CTdatabase/

Immunology相关工具综合:http://www.cancerimmunity.org

特殊数据库

McGill:http://ww2.mcgill.ca/androgendb/

染色体突变数据库:http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/

内源性逆转录病毒数据库:http://www.girinst.org

包含100多个内源性逆转录病毒家族,每个家族都给出了共有序列

基因注释数据库

ensemble:http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/

综合各种基因注释的平台

OE:http://vortex.cs.wayne.edu/Projects.html

基因功能注释的重要工具,提供每个注释的生物学意义的评分

GENMAPP:

将基因芯片数据综合在各种生物通路上,帮助分析表达数据的生物学意义

GeneCard:http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/

突变数据库

HGMD突变数据库:http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd/search.html

包含各种疾病和基因的突变数据

肿瘤基因数据库:http://condor.bcm.tmc.edu/ermb/tgdb/tgdb.html

比较基因组学数据库

VISTA:http://www-gsd.lbl.gov/vista/

最重要的比较基因组学在线软件,强烈推荐使用

PCR相关网站

引物数据库:http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

含180000条mRNA特异引物,非常好用

方便的实验室运算软件

MOLBIOL.RU:http://molbiol.ru/eng/scripts/

可以进行随机核酸序列的产生,PCR条件优化运算等

密码子使用频度数据库:http://www.kazusa.or.jp/codon/

工具介绍

如何迅速找到合适的生信数据库?

2020-8-27 11:55:38

工具介绍

GEPIA功能全面介绍

2020-8-27 21:37:23

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