miRNA富集分析数据库

1. 写在前面

对于miRNA而言。其功能的预测基本都是通过其影响的基因来进行来讲总结的。随着关于miRNA的研究过多,目前也有了关于miRNA功能注释的数据库也越来越多。这样的话,基于这样的数据库来进行功能预测了。今天就给大家介绍一个可以做miRNA功能预测的数据库:miEAA(https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/)

2. 富集分析操作

2.1 数据输入

对于数据库的操作。我们只需要点击: Run MiEAA即可进行分析。剩下的,基本上就是按照数据库指引选择合适的数据和合适的分析即可。具体操作步骤包括:

1。选择输入的miRNA的类型。由于miRNA形成的过程中,主要产生两种形态,前体和成熟体,所以我们在输入的时候首先第一步就是来区分数据miRNA的类型

2。选择富集分析的方式。之前在关于富集分析算法的介绍,我们之前提到过,目前主要还是分ORA以及GSEA(基因富集分析算法介绍)。同样的这个数据库也可以做ORA以及GSEA两种。

这里需要注意的是:对于ORA而言,我们输入的就是想要分析的miRNA即可。对于GSEA的分析,miRNA的输入前后是有一定顺序的。这个顺序可以是差异分析logFC的顺序也可以是相关分析的顺序等等。

3。选择物种以及输入想要分析的miRNA。这个数据库一个支持包括人类在内的10个物种的分析

4。选择想要分析的数据库以及关于差异结果的定义。

在以上的全部选择完成后,就可以获得结果了。

2.2. 数据结果解读

富集分析的结果是以表格的形式呈现的,我们可以点击下载,即可获得所有富集差异的结果。

同时所有富集的结果,也可以通过热图和词云图来进行呈现。

3. 数据库其他功能

这个数据库,除了基本的可以做富集分析之外。还可以对于miRNAID转换的功能。这个数据库提供了两种ID转换的功能

3.1 不同版本的miRNA转换

之前在介绍TCGA ID的时候,提到过测序的数据获得的基因ID是基于某一个版本来的。有时候各个版本之间的ID不一样。所以经常需要转换不同版本的ID。同样的关于miRNA ID也是。所以这个数据库提供了不同版本ID转换

3.2 成熟体和前体转换

前面也提到过,miRNA分为前体和成熟体。有时候我们在进行前体分析的时候,想要知道其成熟体是什么。这个时候就可以通过这个工具来进行转换。

4. 数据库使用场景

由于数据库使用针对场景比较明确。所以如果我们在研究miRNA的过程当中,在经过了第一步的miRNA的筛选之后,可以使用这个数据库来进行miRNA的功能预测。。进而来进一步寻找自己感兴趣的miRNA。

另外对于不同ID转换的小工具可以在我们遇到版本转换的时候使用。

工具介绍

肿瘤免疫浸润评估资源—TIMER

2020-8-28 4:52:01

工具介绍

miRNANet:综合性miRNA靶基因预测数据库

2020-8-28 5:11:49

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